Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003907`

染色体: Chr01 坐标: 57356074-57359825 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003907`
名称	SmilChr01G003907
描述	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57356074 - 57359825 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997864`
GeneID	`130997864`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997864`
原始查询	`LOC130997864`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
产物	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
Arabidopsis	`AT1G10840` (TIF3H1) translation initiation factor 3 subunit H1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837627] identity=82.3; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0376500` (eIF-3h) - identity=81; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0005852 (eukaryotic translation initiation factor 3 complex); GO:0008237 (metallopeptidase activity); GO:0016282 (eukaryotic 43S preinitiation complex); GO:0042788 (GO:0042788)
KEGG	-
Pfam	PF01398 (JAB); PF19445 (eIF3h_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779280.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779280.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779280.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779280.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779280.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57357674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B117,C19,C46,D8
`Chr1:57357862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:57357926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779280.1

337 aa

168

337

JAB

eIF3h_C

PF01398 JAB 23-127 aa PF19445 eIF3h_C 143-336 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779280.1`	Pfam	`PF01398`	JAB	Domain	23	127	2e-17	63.8	JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
`XP_057779280.1`	Pfam	`PF19445`	eIF3h_C	Family	143	336	1.3e-57	195.5	C-terminal region of eIF3h

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923297.1
GCAAACTATTTATATGGGCCTACCCTATCAGCCCATTATCTAAAGCCTATATAATAAACCTCTGAAGCCCAATTTGGCCAATTTTGCAAATTAGGGTTTTCGTTGATTTGTGTTCCATCCACTGAACTACTCAGGATCTTCGAATAATCTCTCACAGCTCTCTCGCTCAATCGTTCATGGCGAACACTGCGACAAGATCTTTTCTGCAAGTGGCGGCTACGGAGGAGGCCACACCGCCGCTCAGAGTCGTCCAGATCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997864
ATGGCGAACACTGCGACAAGATCTTTTCTGCAAGTGGCGGCTACGGAGGAGGCCACACCGCCGCTCAGAGTCGTCCAGATCGAAGGACTGGTTATTTTGAAGATAATCAAGCATTGCAAGGAGTTCTCACCAGCTCTGGTTACTGGGCAGCTTCTTGGTTTGGATGTTGGTAGTGTTCTCGAAGTCACCAATTGCTTCCCATTTCCGATTCGTGAGGAAGATGAAGAGATTGAAGCCGAAGGTGCTAATTATCAGCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779280.1
MANTATRSFLQVAATEEATPPLRVVQIEGLVILKIIKHCKEFSPALVTGQLLGLDVGSVLEVTNCFPFPIREEDEEIEAEGANYQLEMMRCLREVNVDNNTVGWYQSTLFGSFQTVELIETFMNYQENIRRCVCIIYDPSRSNQGVLALKALKLSDTFMELYRTNNFKGEKLREKNLSFVDIFEEIPIKVSNSALISAFMTELEADTPVTQCDYDRLQLSTSPILERNVEFLIECMDDLSMEQQKFQFYYRNLSRQEAQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器