当前解析结果
SmilChr08G003310| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003310 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003310 |
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 34286677 - 34288329 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997871 |
|---|---|
| GeneID | 130997871 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997871 |
| 原始查询 | LOC130997871 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 产物 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| Arabidopsis | AT5G49690 (AT5G49690)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032] identity=33.2; qcov=0.962; evalue=1.51e-66; confidence=low |
| Rice | Os07g0672700- identity=39.5; qcov=1.07; evalue=3.15e-100; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997871 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057779284.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057779284.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779284.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779284.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779284.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:34286831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr8:34286884 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B78 |
Chr8:34286915 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr8:34286957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C32 |
Chr8:34286959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr8:34287074 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C54 |
Chr8:34287129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr8:34287166 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B60 |
Chr8:34287166 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr8:34287199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B78 |
Chr8:34287407 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr8:34287948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779284.1PF26168
Glyco_transf_N 10-228 aa
PF00201
UDPGT 254-388 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779284.1 |
Pfam | PF26168 |
Glyco_transf_N | Domain | 10 | 228 | 3.2e-14 | 54.1 | Glycosyltransferase, N-terminal domain |
XP_057779284.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 254 | 388 | 5.9e-19 | 69.0 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。