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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003311`

染色体: Chr08 坐标: 34291262-34292904 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003311`
名称	SmilChr08G003311
描述	RING-H2 finger protein ATL40-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	34291262 - 34292904 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997872`
GeneID	`130997872`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997872`
原始查询	`LOC130997872`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL40-like
产物	RING-H2 finger protein ATL40-like
Arabidopsis	`AT3G03550` (AT3G03550) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821237] identity=29.5; qcov=0.685; evalue=7.85e-25; confidence=low
Rice	`Os04g0590900` - identity=32.5; qcov=0.577; evalue=2.55e-24; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997872

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779285.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779285.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779285.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779285.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779285.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:34292021`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B7,C33
`Chr8:34292021`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B7,C33
`Chr8:34292166`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr8:34292210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B62,C31,C41,C75
`Chr8:34292294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,B78
`Chr8:34292494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C83
`Chr8:34292584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr8:34292781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779285.1

267 aa

134

267

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 94-123 aa PF13923 zf-C3HC4_2 94-136 aa PF12678 zf-rbx1 94-137 aa PF13639 zf-RING_2 94-137 aa PF00097 zf-C3HC4 95-136 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779285.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	94	123	1e-11	45.0	RING-like zinc finger
`XP_057779285.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	94	136	9.4e-09	35.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057779285.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	94	137	9.5e-10	39.3	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057779285.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	94	137	7.7e-15	55.6	Ring finger domain
`XP_057779285.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	95	136	4.6e-07	30.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923302.1
ACCAGAAAATCTCCATTGAATCAAGAATGTATACAAATCTAGCAGATAGCAACAAAATCTTAAGATGTTATCAAAGTTTTTCCGGACTACTTTAAGTACAGGAAATTACATTCTGGTCTATTAAATTTTTTATAGTTTATGTATTTATTGCCTAATAAGGTTGAACAAGATAGCGAAGACACGTAAAAACAGGAAGAATATATATACGTACAGTTGTGCGTCAAGGGACAGTTTGGAAATAGTCAAAATTGCATATTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997872
ATGGAGGGCTTGAGTTCACCGTCTATGGTTCAAAGCGGCACCCACACTTCCGTCTTGAGTCCGTTACTCATCTCCATGCTTGGCATAGTCATCACGGCCATGGCTATAGTGGCATACCACCTTTTACTGGTCAAGTACTGCAAAAGGCGCCGCGCCGTCGATGCCGAGGCGGCGCAACTGGCCGCCGCGCCGCCTCCGACCGGCGTCGACGAGAAAGTCCTCGCAGCGATTCCGATCCTCACGTTCTCCGTGGTGAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779285.1
MEGLSSPSMVQSGTHTSVLSPLLISMLGIVITAMAIVAYHLLLVKYCKRRRAVDAEAAQLAAAPPPTGVDEKVLAAIPILTFSVVKRGGIDQGECAVCLGELEDEDAVRLLPNCSHAFHVSCIDQWFAAHTSCPLCRLPVVFRQKTDAASASPDLAEDPNNRSRSGENNGSNGSDEPPAPSSGGLLRHCASLMTPMERRSMSRLKRSMSMDLSLVVFDPSATSFSSSSSGILRRSGSLSHFDPKWLSSFPWLRTGKASNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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