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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003325

染色体: Chr08 坐标: 34521102-34523806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003325
名称SmilChr08G003325
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-4, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34521102 - 34523806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997885
GeneID130997885
locus_tag-
NCBI NameLOC130997885
原始查询LOC130997885

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-4, chloroplastic-like
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-4%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G10060 (AT3G10060)
FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820167]
identity=72.1; qcov=0.937; evalue=8.24e-102; confidence=high
RiceOs02g0117600 (OsFKBP18)
-
identity=40.6; qcov=0.766; evalue=1.3e-25; confidence=medium
GOGO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity)
KEGG-
PfamPF00254 (FKBP_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779301.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057779301.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057779301.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057779301.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779301.1
222 aa
N
1
111
222
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 111-206 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779301.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 111 206 4e-22 79.1 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923318.1
CTCCCCTCCTCCCTCGTGTTTCTCTCACCTCTCGCGCCGTTCCTCCTGCTTCCACGCCGCCGCCGCACAACCGCTCCGCCCCACCCCCCTGAAAAAGAAAGCCGCGCCACCACGACACCTTCTCCTCTGAAAATCGTGGCTGCGGCGCCTCCTCTGTGAATCGCGGTCGTAGCACCGCCTCTCTGTGAATCACTGCCATCTCTGAGAATCGCGGCCCCCTCCCCCTAATCTGCACCGCCGTCGTCCCCCTTGCCGGAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997885
ATGGAAGTCTCTCTCCTTCAGCATCCACTCAAGCCCATCTTCTTCCACCACTCTCTTCCCGCCGCAGGAAAGAGATGCTCTTACAGGAATACGACGTTGTTGGGGTGCCGCTGTTCGTCGTCATCTTTGGAATTGCACTTCCAGAATGAGGGGCGGAGGGCGCTGCTGAGCTGTCTCCTTGCTGCAACTGCTGGGATTTCGTTATGTGATGCAGCTGGTGCAGTGAGCACAAGTAAAAGAGCTCTGAGAGGAGCAAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779301.1
MEVSLLQHPLKPIFFHHSLPAAGKRCSYRNTTLLGCRCSSSSLELHFQNEGRRALLSCLLAATAGISLCDAAGAVSTSKRALRGAKIPESEFKTLPNGLKYYDLKVGDGVEAVKGSRVAVHYVAKWRGITFMTSRQGLGVGGGTPYGFDVGQSERGTVLKGLDLGVQGMRVGGQRLLIVPPQLAYGDKGVQEIPPNATIELDVELLAIKQNPFGSAVKIVEG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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