Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003345`

染色体: Chr08 坐标: 34811890-34815485 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003345`
名称	SmilChr08G003345
描述	sulfite exporter TauE/SafE family protein 4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	34811890 - 34815485 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997902`
GeneID	`130997902`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997902`
原始查询	`LOC130997902`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sulfite exporter TauE/SafE family protein 4
产物	sulfite exporter TauE/SafE family protein 4
Arabidopsis	`AT2G36630` (AT2G36630) Sulfite exporter TauE/SafE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818235] identity=69.9; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0726500` (OSJNBb0122C16.14) - identity=63.9; qcov=0.942; evalue=2.38e-173; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031464 (Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF01925 (TauE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057779313.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057779313.1`
3	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057779313.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779313.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779313.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:34812241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B137,C1
`Chr8:34812313`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	159	A1,A10,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B102,B104,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B118,B119,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B130,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B27,B28,B29,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B64,B66,B67,B69,B71,B73,B76,B79,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B93,B94,B96,B99,C1,C11,C13,C14,C19,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C52,C54,C56,C57,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C69,C70,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D6,D8,D9
`Chr8:34812315`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	160	A1,A10,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B102,B104,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B118,B119,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B130,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B27,B28,B29,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B64,B66,B67,B69,B71,B73,B76,B79,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B93,B94,B96,B99,C1,C11,C13,C14,C19,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C52,C54,C56,C57,C58,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C69,C70,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D6,D8,D9
`Chr8:34812335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C64,C66
`Chr8:34812572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A7,B33,B87,C15,C28,C32,C45,C68
`Chr8:34812573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B10,B105,B51,B66,B8,C16,C35
`Chr8:34812580`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A18,B102,B106,B118,B119,B129,B134,B20,B22,B49,B57,B59,B6,B75,B81,B86,B9,B95,C26,C34,C38,C41,C44,C46,C5,C72,C79,C8,D5,D9
`Chr8:34812611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B3,C11,C12,C69
`Chr8:34812621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr8:34812705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr8:34812859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B102,B108,B4
`Chr8:34812892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779313.1

462 aa

231

462

TauE

PF01925 TauE 69-186 aa PF01925 TauE 276-427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779313.1`	Pfam	`PF01925`	TauE	Family	69	186	2.7e-26	93.4	Sulfite exporter TauE/SafE
`XP_057779313.1`	Pfam	`PF01925`	TauE	Family	276	427	2.7e-26	93.4	Sulfite exporter TauE/SafE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923330.1
AAAAATATTTGTAATAGGCGTAAGAAGTAAAACGCCTGCATCTTGGGTGAGGGAGGATTGAGGGAGTATCCAATTTGCATTTTAGAATTCCTCTCTCAAGTATTTATTAGGAATAAAATCGCTGATTGTGGACATACTGTCGTACAGTAATTTCATCAACAAGGAAAAGAAATATACACATACACGAACGCCGCCCTGAAGAAAAAGAAAAAACTGCCCATTCGTCTTCCTCGAGGGTGGGAAAAATCAAAAAGGGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997902
ATGGCTGCTAAAGGGCTGGTGGTTTACCTGCTGACGGCCTTCTCTTTGGCTGTTGTATCCGTGTATTTCGTCAACAATTATGCAAATGGAGGTGATGATGCAAAACCGTCATCTTCCAGCTCCAATGCTTTGCAGCAGAATCTTGGATCTGAAGACAAAGTCTGGCCTGAATTGAAGTTTAGCTGGAGGGTTGTTTTGGCGACTGTGATAGGGTTCTTGGGGTCAGCCTGCGGCACGGTGGGTGGCGTTGGTGGGGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779313.1
MAAKGLVVYLLTAFSLAVVSVYFVNNYANGGDDAKPSSSSSNALQQNLGSEDKVWPELKFSWRVVLATVIGFLGSACGTVGGVGGGGIFVPMLTLIVGFDTKSAAAISKCMIMGASASSVWYNLRVPHPCRDAPILDYDLALLFQPMLMLGITLGVSLSVVFPYWLITILIIILFLGTSSRSFCKAIEMWNEETILKKSMEDRRTFANSHGELLINAEYDPLVPKEEKTALQILKGNINMKRMSMLVLVWICFLLLQVIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器