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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003361

染色体: Chr08 坐标: 35032853-35033776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003361
名称SmilChr08G003361
描述uncharacterized SmilChr08G003361
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向35032853 - 35033776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997915
GeneID130997915
locus_tag-
NCBI NameLOC130997915
原始查询LOC130997915

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820163]; symbol=AT3G10020; hit=AT3G10020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820163]; symbol=AT3G10020; hit=AT3G10020; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G10020 (AT3G10020)
plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820163]
identity=50; qcov=1.1; evalue=7.98e-38; confidence=medium
RiceOs11g0149200
-
identity=43.6; qcov=0.88; evalue=5.4e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779329.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779329.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779329.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779329.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779329.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:35033360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:35033504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B67,B83,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923346.1
GGGTCTAGGTGGCCAACGGAAACGGATACGAGCCTCCGGGAACATTCTAGCACAATCAACTCACTACTACACTAATTTGCCCATTCCTTATACATAAAAAAAATAAAAAATTGCTGATTCCTTTTTCCAGCACCTTCTAAATTCTGGCTCCCAAAATTATAAATACGCGATTTCACCTCCCATAAACCACTCATTATCAGCAACAAGCATTCCAAACCTCGTGTTCCAAAACTAATAAAATCGTTGCTTGATTCACAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997915
ATGAAGGCGGTGGTGGACAAGAAGCACGACAAAGTGGTGATCGCGGCGGAGTGCGGCGCGGACGAAGGGCGGAGGCACGTGGAGAAGGTGGAGCTGCGGACCCACGACGCGGAGACGGTGAAGCACGTGGAGAGGAAGATGGCCGACAAGGGCGTGGGCCGGCTCGACCGCCACCCGGCCGACGGGCTGCCGCTGAAGCACCAGCCCAAGAAAGGCCACGGCGGCAAGTACACGTGGGAGGGCCCGCACAAAGAGTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779329.1
MKAVVDKKHDKVVIAAECGADEGRRHVEKVELRTHDAETVKHVERKMADKGVGRLDRHPADGLPLKHQPKKGHGGKYTWEGPHKEFEAEAEAAVDDKDPNYIEDDGMVVGEVETPKVAPEGVARLEVDPSLQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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