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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003385

染色体: Chr08 坐标: 35590311-35590935 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003385
名称SmilChr08G003385
描述uncharacterized SmilChr08G003385
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向35590311 - 35590935 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997934
GeneID130997934
locus_tag-
NCBI NameLOC130997934
原始查询LOC130997934

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997934

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779351.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057779351.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779351.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779351.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779351.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:35590460 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 154 A1,A14,A2,A20,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B104,B105,B109,B111,B112,B113,B114,B115,B12,B121,B124,B126,B128,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B19,B20,B22,B24,B26,B28,B29,B30,B36,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B61,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B7,B71,B75,B76,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B86,B87,B88,B9,B90,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C12,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C47,C49,C51,C52,C55,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C67,C71,C72,C73,C74,C76,C79,C8,C80,C81,C84,C85,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8
Chr8:35590462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B52,C55
Chr8:35590514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C47,D10
Chr8:35590523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6
Chr8:35590529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr8:35590653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B65,D6
Chr8:35590739 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 11 A1,A3,B137,B25,B6,B69,B73,C2,C41,C67,C77
Chr8:35590764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B65,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923368.1
AGGTTCACACGAAGAAGAGAAATCGTTTGACCACACAAAAGCTCAACTCCTTGGTGTACATCATGTACAATAGGAGGCTTAGAGGAAAACATGTCAAATTGACAAGTATGTGTGAAAATAAGGACCCACTGGTAGTTGATCATTTGGCCTCTGACGATGAATGGTATGTTGGTAATGAAAACGAGGCAAATGAAAATCCTCCAACTAATATGGCTGCAATTACACAAATGATTGAGGGGGATTCATCTTCATCAAGGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997934
ATGTACAATAGGAGGCTTAGAGGAAAACATGTCAAATTGACAAGTATGTGTGAAAATAAGGACCCACTGGTAGTTGATCATTTGGCCTCTGACGATGAATGGTATGTTGGTAATGAAAACGAGGCAAATGAAAATCCTCCAACTAATATGGCTGCAATTACACAAATGATTGAGGGGGATTCATCTTCATCAAGGACAAGAAAGAAGAGAAAGAATATCACAAATTCAAAAGGCAAAGATAAGAGAGTCCTGCTGATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779351.1
MYNRRLRGKHVKLTSMCENKDPLVVDHLASDDEWYVGNENEANENPPTNMAAITQMIEGDSSSSRTRKKRKNITNSKGKDKRVLLIDEEETDEEDELQDDNNDEDGGHDDWDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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