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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000590

染色体: Chr08 坐标: 4387511-4389968 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000590
名称SmilChr08G000590
描述pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4387511 - 4389968 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997969
GeneID130997969
locus_tag-
NCBI NameLOC130997969
原始查询LOC130997969

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like
产物pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like
ArabidopsisAT1G24430 (AT1G24430)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839059]
identity=30.6; qcov=0.78; evalue=3.52e-40; confidence=low
RiceOs02g0611800 (OsHCT2)
-
identity=25.1; qcov=0.766; evalue=3.92e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997969

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779390.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779390.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779390.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779390.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779390.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4388210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr8:4388253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr8:4388536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,C21,C62,C64,D9
Chr8:4388554 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 140 A13,A14,A15,A16,A20,A22,A23,A24,A25,A5,A6,A8,B10,B100,B104,B11,B110,B114,B115,B117,B118,B120,B122,B125,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B21,B22,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B35,B36,B38,B39,B42,B43,B47,B48,B49,B5,B52,B53,B61,B63,B65,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B81,B82,B84,B85,B89,B91,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C18,C21,C24,C27,C28,C3,C30,C32,C35,C36,C39,C40,C41,C42,C43,C46,C47,C50,C51,C52,C54,C56,C58,C59,C60,C61,C63,C66,C67,C68,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D3,D4,D5,D9
Chr8:4389616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4389617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C80,D11
Chr8:4389628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C80,D11
Chr8:4389631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C80,D11
Chr8:4389652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4389662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4389696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4389815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779390.1
495 aa
N
1
248
495
Transferase
C
PF02458 Transferase 16-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779390.1 Pfam PF02458 Transferase Family 16 378 3.4e-51 175.0 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923407.1
ATGAGCTTGTGGACCCTAGGAGAATATTTTGCAGTTGTTCTGTTTTACGAATCGAAACCCGAAGACGGCAGCCTCCAGTTGGAAGAATCACTGGCCAGAATCTTGGTTGATTTCTATCCTCTTGCAGGAAGATTCATCAATAATTATAGTTCGATTGACTGCTGCGACGAGGGAGCCGAGCTCGTCGAAGCAGAGGCTCTAGACGTCGAGCTGATCGAGCTCGTAGCAAAAATGGAGCTCGATCAGCTCGACAATCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997969
ATGAGCTTGTGGACCCTAGGAGAATATTTTGCAGTTGTTCTGTTTTACGAATCGAAACCCGAAGACGGCAGCCTCCAGTTGGAAGAATCACTGGCCAGAATCTTGGTTGATTTCTATCCTCTTGCAGGAAGATTCATCAATAATTATAGTTCGATTGACTGCTGCGACGAGGGAGCCGAGCTCGTCGAAGCAGAGGCTCTAGACGTCGAGCTGATCGAGCTCGTAGCAAAAATGGAGCTCGATCAGCTCGACAATCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779390.1
MSLWTLGEYFAVVLFYESKPEDGSLQLEESLARILVDFYPLAGRFINNYSSIDCCDEGAELVEAEALDVELIELVAKMELDQLDNLLPDQHEAPDIPILSIQITRFSCGGAAVAISVSHKIFDGSSLATFVAAWTDATNPDHAKRVICPSFHLPSLLPSVIRNDNPAPAPAPGSGHKLALKRLSFNKEALTSLKSRISRTNGKPLSGARVVSAVLAEAQFRLDRAKHGRSRSCVVYQTANMRERSIPPQPRHTCGNFWAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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