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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000618

染色体: Chr08 坐标: 4604187-4607667 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000618
名称SmilChr08G000618
描述uncharacterized SmilChr08G000618
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4604187 - 4607667 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997975
GeneID130997975
locus_tag-
NCBI NameLOC130997975
原始查询LOC130997975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G45570 (AT5G45570)
Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]
identity=27.2; qcov=0.246; evalue=5.98e-09; confidence=weak
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48); PF09331 (DUF1985)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779396.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057779396.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779396.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779396.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779396.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779396.1
945 aa
N
1
472
945
DUF1985
Peptidase_C48
C
PF09331 DUF1985 51-183 aa PF02902 Peptidase_C48 714-929 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779396.1 Pfam PF09331 DUF1985 Family 51 183 1.7e-11 45.0 Domain of unknown function (DUF1985)
XP_057779396.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 714 929 1.9e-16 61.3 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923413.1
GACGGGGGTTTGGGGCGGGGTAGGCACGACGGGGGTCTCGTCGTCGGATTCACGATGGCAGGCTCCCCATCGTGGGCACGATGGCGCCGTCGAGGTCACGACGATGGCCCACGATGGCGTCCATCGTGGTCACGACGGGAGCCTCCCATCGTGATCTCGACAGTCCGCCTACCCCGCTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTGTTGTATTATTTGTTTCAAATACATGATTATCTTTCTAATTTGTTTTTAATACATTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997975
ATGAGGACCGATATATTGAAGGAGGTCAAGAATGTTTTACTTGATAAAGGCGGTCCGTTGGCTCTAGAGAGATTTAAAGAAGGCGTAGTAGGACGGTTGATTGATATCAAGAGAAACCATAGTGCAAGTAATGCTCTACATCACTTGCTAGCTCGTCAATTGAAAGGTAGCGATATACCATGTGACGAGTCTTGGTTTCAAGTTGGTGGACAGACCATTCGATTTAGGCCGACGGAGTATGCCCTTGTCACGGGACTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779396.1
MRTDILKEVKNVLLDKGGPLALERFKEGVVGRLIDIKRNHSASNALHHLLARQLKGSDIPCDESWFQVGGQTIRFRPTEYALVTGLHFGNSDFDPYAKHKPPRNGIFNRFFNGVSTKVHVLRKRFNEKSLGKDVEDYLKAANLLVYYLFLLCRDNPVIEDWAWTLVEDFERWDAFPWGSYTYGALSYYIDTVGIAPDQAEKDYHFYGPVWALQIWSYEAVPDLGSQCGFREREEILPRCLRWSTRQMRKIDFATFLEKRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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