当前解析结果
SmilChr08G000724| 统一基因 ID | SmilChr08G000724 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000724 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000724 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5369005 - 5370219 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997983 |
|---|---|
| GeneID | 130997983 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130997983 |
| 原始查询 | LOC130997983 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0749500; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os03g0749500; species=rice; confidence=high |
| 拟南芥 | AT5G20940 (AT5G20940)Glycosyl hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832219] identity=61.23; qcov=0.898; evalue=1.26e-83; confidence=high |
| 水稻 | Os03g0749500- identity=59.75; qcov=0.949; evalue=2.41e-93; confidence=high |
| GO | GO:0008422 (beta-glucosidase activity); GO:0009251 (glucan catabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01915 (Glyco_hydro_3_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997983 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 胞外分泌 | 1.00000 | XP_057779404.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5369009 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A18,A25,B104,B111,B120,B140,B34,B44,B61,B69,C3,C30,C32,C35,C37,C50,C6,C68,C71,C75,C83,D4 |
Chr8:5369357 |
C |
CT |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 1 | B3 |
Chr8:5369357 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr8:5369647 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C75 |
Chr8:5369647 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr8:5369654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:5369703 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 28 | A22,A24,B107,B12,B129,B131,B21,B23,B28,B3,B30,B44,B52,B58,B66,B75,B88,B89,C11,C31,C47,C53,C69,C70,C78,C86,D3,D7 |
Chr8:5369706 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 28 | A22,A24,B107,B12,B129,B131,B21,B23,B28,B3,B30,B44,B52,B58,B66,B75,B88,B89,C11,C31,C47,C53,C69,C70,C78,C86,D3,D7 |
Chr8:5369712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr8:5369761 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A15,B28,B50,B57,B67,B77,B83,B86,C21,C7,C73,C84,D1,D6,D8 |
Chr8:5369794 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A21,A6,B10,B100,B102,B103,B109,B11,B118,B132,B17,B18,B31,B42,B43,B48,B53,B65,B69,B72,B8,B81,B87,B94,C16,C18,C34,C40,C54,C56,C57,C71,D1,D9 |
Chr8:5369802 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B28,B41,B50,B57,B77,B83,B86,C21,C73,C84,D1,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779404.1PF01915
Glyco_hydro_3_C 26-229 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779404.1 |
Pfam | PF01915 |
Glyco_hydro_3_C | Domain | 26 | 229 | 4.2e-33 | 115.7 | Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。