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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001044

染色体: Chr01 坐标: 21684371-21686945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001044
名称SmilChr01G001044
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21684371 - 21686945 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998030
GeneID130998030
locus_tag-
NCBI NameLOC130998030
原始查询LOC130998030

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.8; qcov=1.07; evalue=1.6e-152; confidence=medium
RiceOs11g0694850
-
identity=40.5; qcov=1.03; evalue=4.02e-179; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779471.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779471.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779471.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779471.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779471.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21685861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr1:21685907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C50,C69
Chr1:21686074 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A20,A4
Chr1:21686074 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 A20,A4
Chr1:21686089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D9
Chr1:21686363 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C11
Chr1:21686363 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C11
Chr1:21686631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:21686871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779471.1
759 aa
N
1
380
759
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 65-86 aa PF00560 LRR_1 133-155 aa PF00560 LRR_1 157-179 aa PF13855 LRR_8 157-216 aa PF00560 LRR_1 205-227 aa PF13855 LRR_8 205-264 aa PF00560 LRR_1 229-251 aa PF13855 LRR_8 229-288 aa PF00560 LRR_1 254-275 aa PF13855 LRR_8 256-312 aa PF00560 LRR_1 301-322 aa PF00560 LRR_1 326-347 aa PF00069 Pkinase 468-738 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 471-740 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 65 86 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 133 155 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 157 179 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 157 216 1.4e-32 112.0 Leucine rich repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 205 227 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 205 264 1.4e-32 112.0 Leucine rich repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 229 251 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 229 288 1.4e-32 112.0 Leucine rich repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 254 275 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 256 312 1.4e-32 112.0 Leucine rich repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 301 322 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 326 347 5.8e-38 121.4 Leucine Rich Repeat
XP_057779471.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 468 738 1.1e-44 153.5 Protein kinase domain
XP_057779471.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 471 740 7.4e-47 160.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923488.1
ATGAGTATTTTTACGGTAGGAGAATTGCCGGAAGAGCTTGGTAATCTAGCAGGCCTCGAGTCCTTAACGGCGTCGTTCAACGATTTCTTGTTTGGTTCCATCCCTTCTTCCATATTCAATTTATCAAGTTTGATGGAACTCTCTCTTCAGCAGAATCAGTTTTCCGGTAGCCTTCCTTCAAACATGGGGCTCTCACTTGTGAAGCTTTCTTTATTTTTTAACAAACTCACCGGCAAAATTCCAACCTCCATCACCAACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998030
ATGAGTATTTTTACGGTAGGAGAATTGCCGGAAGAGCTTGGTAATCTAGCAGGCCTCGAGTCCTTAACGGCGTCGTTCAACGATTTCTTGTTTGGTTCCATCCCTTCTTCCATATTCAATTTATCAAGTTTGATGGAACTCTCTCTTCAGCAGAATCAGTTTTCCGGTAGCCTTCCTTCAAACATGGGGCTCTCACTTGTGAAGCTTTCTTTATTTTTTAACAAACTCACCGGCAAAATTCCAACCTCCATCACCAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779471.1
MSIFTVGELPEELGNLAGLESLTASFNDFLFGSIPSSIFNLSSLMELSLQQNQFSGSLPSNMGLSLVKLSLFFNKLTGKIPTSITNASQLIMLELNRNSFTGSIPDLDIGNIKQFSDEWYPPIPSSIGNLSTSLVTFSASNCGIRGVIPSEIGNLSSLQTLDLSGNQFTGSIPTTIGKLKQLGILYLYGNQLQGYIPHHLCRISNLLELYLSGNMLTSSIPEYFGELKSLQTLSFASNKLNSTLPSNFFNLPGLIVLDLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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