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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003928`

染色体: Chr01 坐标: 57551499-57554570 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003928`
名称	SmilChr01G003928
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 42
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57551499 - 57554570 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998041`
GeneID	`130998041`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998041`
原始查询	`LOC130998041`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 42
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 42
Arabidopsis	`AT3G47120` (AT3G47120) RNA recognition motif (RRM)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823865] identity=80.5; qcov=0.877; evalue=2.94e-106; confidence=high
Rice	`Os03g0826400` (OsC3H25) - identity=70.3; qcov=0.99; evalue=9.08e-95; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00642 (zf-CCCH); PF16367 (RRM_7); PF18044 (zf-CCCH_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779462.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779462.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057779462.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057779462.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057779462.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57552202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A14,D11
`Chr1:57552202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,D11
`Chr1:57554014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B108,B117,B121,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779462.1

204 aa

102

204

RRM_7

RRM_1

zf-CCCH

zf-CCCH_4

PF16367 RRM_7 35-97 aa PF00076 RRM_1 38-108 aa PF00642 zf-CCCH 134-156 aa PF18044 zf-CCCH_4 135-155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779462.1`	Pfam	`PF16367`	RRM_7	Domain	35	97	3.3e-07	30.9	RNA recognition motif
`XP_057779462.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	38	108	4.9e-23	81.5	RNA recognition motif
`XP_057779462.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	134	156	9.1e-08	32.6	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057779462.1`	Pfam	`PF18044`	zf-CCCH_4	Domain	135	155	1.6e-07	31.6	CCCH-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923479.1
AAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAGAGAGAGGCTGTCGCCCTTGTCTTCTTCTTCTCTTTCCTCACATTATTATTCATTCCCGTCAAAATTTGAATTTCTCTCTTAAATCCAGCGAACCCTCGCCGTTCAACACTCACTGCCGCCGCCTTCATCTCACCATTCTCGCCATGAATCCCTTGACATTGGTGAAACGTATTCAGAATATAAACAAAAGGGAGGCAACTCTAGGAATATCAGAAGATGCATCATGGCATGCTAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998041
ATGAATCCCTTGACATTGGTGAAACGTATTCAGAATATAAACAAAAGGGAGGCAACTCTAGGAATATCAGAAGATGCATCATGGCATGCTAAGTACAGAGATTCTGCTTATGTTTATGTTGGTGGCATCCCCTTTGACTTGACTGAAGGTGATCTCCTAGCCGTCTTTGCGCAGTATGGAGAGATTGTGGATGTTAACCTAGTCAGAGACAAAGCTACTGGAAAGTCCAAAGGGTTTGCTTTTGTTGCCTATGAGGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779462.1
MNPLTLVKRIQNINKREATLGISEDASWHAKYRDSAYVYVGGIPFDLTEGDLLAVFAQYGEIVDVNLVRDKATGKSKGFAFVAYEDQRSTNLAVDNLNGAQILGRTIRVDHVTKYKKLEEEDEETKQQKREERGVCRAFQKGECNRGDSCKFSHDEQRAANTGWGAEEDRPSKWVQDKFQNPEMDRRSGRPNHAEQVISSRSWR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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