当前解析结果
SmilChr08G001316| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001316 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001316 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001316 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10521494 - 10524582 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998054 |
|---|---|
| GeneID | 130998054 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998054 |
| 原始查询 | LOC130998054 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0208400- identity=37.4; qcov=0.999; evalue=3.71e-180; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02992 (Transposase_21); PF13960 (DUF4218); PF13963 (Transpos_assoc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998054 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779474.1 |
| 2 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057779474.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779474.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779474.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779474.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10522311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr8:10522345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr8:10522378 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr8:10522419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B90 |
Chr8:10522463 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B131,C45,C63,C78,C83 |
Chr8:10522463 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B131,C45,C63,C78,C83 |
Chr8:10522510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C46,C50 |
Chr8:10522580 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A24,B124,B40,B42,B49,B54,B60,B71,B83,C2,C22,C34,C45,C47,C5,C60,C62,C73,C78 |
Chr8:10522585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B124,C46 |
Chr8:10522585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,C46 |
Chr8:10522594 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr8:10522675 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 127 | A10,A18,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B105,B107,B109,B111,B114,B115,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B15,B17,B18,B19,B21,B27,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B46,B47,B5,B52,B53,B54,B55,B59,B60,B61,B64,B66,B68,B71,B72,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B98,C10,C11,C12,C16,C19,C2,C21,C26,C28,C3,C31,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C42,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C58,C61,C62,C67,C69,C70,C71,C72,C74,C79,C80,C83,C86,C87,C9,D11,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779474.1PF13963
Transpos_assoc 3-72 aa
PF02992
Transposase_21 332-541 aa
PF13960
DUF4218 753-789 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779474.1 |
Pfam | PF13963 |
Transpos_assoc | Domain | 3 | 72 | 8.6e-19 | 68.2 | Transposase-associated domain |
XP_057779474.1 |
Pfam | PF02992 |
Transposase_21 | Family | 332 | 541 | 1.5e-98 | 328.9 | Transposase family tnp2 |
XP_057779474.1 |
Pfam | PF13960 |
DUF4218 | Domain | 753 | 789 | 2.1e-06 | 28.3 | Domain of unknown function (DUF4218) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。