当前解析结果
SmilChr01G003930| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003930 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003930 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 92A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 57588184 - 57590043 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998063 |
|---|---|
| GeneID | 130998063 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998063 |
| 原始查询 | LOC130998063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 92A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 92A1-like |
| Arabidopsis | AT5G12890 (AT5G12890)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831129] identity=40.1; qcov=0.99; evalue=6.89e-124; confidence=medium |
| Rice | Os04g0506000- identity=42.6; qcov=1.01; evalue=5.9e-120; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998063 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057779483.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057779483.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057779483.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779483.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779483.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:57588551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B68 |
Chr1:57588566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,B67,C47 |
Chr1:57588567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,B67,C47 |
Chr1:57588606 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:57588618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,B67 |
Chr1:57588667 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr1:57588725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B24,C47 |
Chr1:57588770 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B92 |
Chr1:57588847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr1:57588992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,D6 |
Chr1:57589013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr1:57589307 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B21,C80,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779483.1PF26168
Glyco_transf_N 5-246 aa
PF00201
UDPGT 272-443 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779483.1 |
Pfam | PF26168 |
Glyco_transf_N | Domain | 5 | 246 | 4.6e-13 | 50.3 | Glycosyltransferase, N-terminal domain |
XP_057779483.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 272 | 443 | 1.3e-24 | 87.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。