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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003931

染色体: Chr01 坐标: 57594909-57597643 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003931
名称SmilChr01G003931
描述thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7 homolog, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57594909 - 57597643 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998071
GeneID130998071
locus_tag-
NCBI NameLOC130998071
原始查询LOC130998071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7 homolog, chloroplastic
产物thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7 homolog%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G28590 (MRL7)
polyadenylate-binding protein 2-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828977]
identity=60.8; qcov=0.88; evalue=7.45e-125; confidence=high
RiceOs01g0829000 (MRL7)
-
identity=71.8; qcov=0.667; evalue=1.9e-121; confidence=high
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0009658 (chloroplast organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779489.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057779489.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779489.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779489.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779489.1

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EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57595252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr1:57595840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C2,C50
Chr1:57595981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:57596047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr1:57596311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C3,C53,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923506.1
GTTCCAGTTTTTTCTTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTACCAATTTACTCAAACTTGATTCTCAGCCACTTCAAAATTAATCCTGATACTAGATTTCTCCAAAATTGTTCTTAACTGTGGAGTTAATTCCAGTTCATTTGATTGCTTTGTTTATTTTGGTTTTTTGATAGCGGTGGACTATCATCCACTCCGTTCAATAGTAATGTCTCATTTTTTTGGGGACGTTCTAATAGTAATGTCTCATTCTCTTTTTGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998071
ATGGCTTTCAGCATAGTAAATCGTCAAACGTTGATTTCTCCTGTAAACATTACTTCTATCCTTTTTGCTCCTACACGGGCCAAGATATCAACTTCTTTTACAACTTCTGTTTCATATCCGAGTTTTCCGTCACAACTTCCCAATCACATCGTTAGACGCCTCTCATGCAATGCCGCATTGAGTAATTCTGATCAAAATCCTGACAAAAGTCCTACCCAAAATCTTAAATCGGAGCGCAGACGGAAAACGTCACGCCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779489.1
MAFSIVNRQTLISPVNITSILFAPTRAKISTSFTTSVSYPSFPSQLPNHIVRRLSCNAALSNSDQNPDKSPTQNLKSERRRKTSRQTSKEPKKEGKNPEDLYPGIIPKKPRRGRRSEAAAVEDYIRGSLEQTLESIRKQNPEVLEKMQNFMKEKAASDDDTSDDEDGVDIGEKEMVVEEEDPDWPLDAEVGWGIRASEYFDQHSIKNVVGEDGTEIDWEGEIDYGLVKEINCLEWESFAFHPSPLIVLVFERYNRASDNW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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