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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001497

染色体: Chr08 坐标: 12138432-12139547 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001497
名称SmilChr08G001497
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12138432 - 12139547 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998082
GeneID130998082
locus_tag-
NCBI NameLOC130998082
原始查询LOC130998082

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1
ArabidopsisAT5G24080 (AT5G24080)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832473]
identity=32.2; qcov=0.871; evalue=9.25e-29; confidence=low
RiceOs04g0475200
-
identity=40.5; qcov=1.02; evalue=5.62e-73; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01453 (B_lectin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998082

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057779498.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057779498.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057779498.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779498.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12138492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B76,B88,C22,C59
Chr8:12138575 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B26,C34,C77
Chr8:12138575 CG C 1bp_deletion CDS_variant 3 B26,C34,C77
Chr8:12138672 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B135,B65,C58,C76
Chr8:12138672 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 4 B135,B65,C58,C76
Chr8:12138787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:12138877 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B133,B76,C10
Chr8:12138877 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B133,B76,C10
Chr8:12138910 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 8 A5,B1,B123,B34,B56,B80,B96,C37
Chr8:12138936 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr8:12138936 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr8:12139045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B68,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779498.1
371 aa
N
1
186
371
B_lectin
C
PF01453 B_lectin 79-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779498.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 79 167 5.2e-23 82.2 D-mannose binding lectin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923515.1
ATGGCTTTAACTAGCTCACTATTGTTCACCATCATCATCATCATTGCATTTCCAGTTTCAACCACAGCCCAACAATCATCCAACCGCAACATAACTCTGGGTTCGTCCATCGTCGCAAACGCCGACGCCAGTCACACGTGGACGTCGCCATCCGGCGAGTTTGCTTTCGGGTTCCGGCAGGTTGCGCCTGGAGCCTTCTTACTCGCCATCTGGTTCGACCAATTACCTGACAAAACCCTTGTTTGGTCGGCCAACCGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998082
ATGGCTTTAACTAGCTCACTATTGTTCACCATCATCATCATCATTGCATTTCCAGTTTCAACCACAGCCCAACAATCATCCAACCGCAACATAACTCTGGGTTCGTCCATCGTCGCAAACGCCGACGCCAGTCACACGTGGACGTCGCCATCCGGCGAGTTTGCTTTCGGGTTCCGGCAGGTTGCGCCTGGAGCCTTCTTACTCGCCATCTGGTTCGACCAATTACCTGACAAAACCCTTGTTTGGTCGGCCAACCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779498.1
MALTSSLLFTIIIIIAFPVSTTAQQSSNRNITLGSSIVANADASHTWTSPSGEFAFGFRQVAPGAFLLAIWFDQLPDKTLVWSANRDAPVPTGSTVQLSTDGSLVLIHQRSGGIWRADPSQPARVAYAAMLDTGNFVLATNISSILWGSFDQPTDTLLPTQLLNRDVALVSTVSETNYSTGKFRMRLQTDGNLVLNTVAFPSPDPYWSSQTQTLESGVRLLFNQSGSIIFIRQNGTLIRPLFNNSDLVGQFHQRLTLEYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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