Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001630`

染色体: Chr08 坐标: 13489255-13493388 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001630`
名称	SmilChr08G001630
描述	uncharacterized SmilChr08G001630
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	13489255 - 13493388 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998095`
GeneID	`130998095`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998095`
原始查询	`LOC130998095`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=27.1; qcov=0.298; evalue=7.94e-41; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.9; qcov=0.601; evalue=3.28e-106; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998095

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779511.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779511.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779511.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779511.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779511.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:13489708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr8:13491198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr8:13491307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,C21
`Chr8:13491503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:13491517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121
`Chr8:13491536`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B21
`Chr8:13491536`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B21
`Chr8:13491607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B41
`Chr8:13491638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,C29,C43,C72,D2
`Chr8:13492914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr8:13492916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:13492981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779511.1

1377 aa

688

1377

Exo_endo_phos

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF03372 Exo_endo_phos 5-220 aa PF00078 RVT_1 498-759 aa PF13966 zf-RVT 1014-1095 aa PF13456 RVT_3 1225-1346 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779511.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	5	220	9.4e-08	32.8	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
`XP_057779511.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	498	759	6.9e-29	101.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057779511.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1014	1095	3.7e-19	69.9	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057779511.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1225	1346	3e-18	66.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923528.1
ATGAATTTTTTGGTTTGGAATGTCCGAGGCTTTTCGGACGATTCTAAATCTCTTCTTAAGGAGCATTGTCGTTCCTTTTTGCCTTTACTTGTAGGCATTATTGAGCCTAAGAAAAGTCTTCACAAAGTTCGCCAGAGCTACTGGAGATCGATTAATTTGGTCCCTCGACATCAAAATTTTCGACAGCCTCGGAGACCGAACATCTGGTTGCTCACTAGTCCGGATGTCCAGACCACGATTCTGCTCTCCTCGGATCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998095
ATGAATTTTTTGGTTTGGAATGTCCGAGGCTTTTCGGACGATTCTAAATCTCTTCTTAAGGAGCATTGTCGTTCCTTTTTGCCTTTACTTGTAGGCATTATTGAGCCTAAGAAAAGTCTTCACAAAGTTCGCCAGAGCTACTGGAGATCGATTAATTTGGTCCCTCGACATCAAAATTTTCGACAGCCTCGGAGACCGAACATCTGGTTGCTCACTAGTCCGGATGTCCAGACCACGATTCTGCTCTCCTCGGATCAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779511.1
MNFLVWNVRGFSDDSKSLLKEHCRSFLPLLVGIIEPKKSLHKVRQSYWRSINLVPRHQNFRQPRRPNIWLLTSPDVQTTILLSSDQVIIADCVWQTYFFRVAVVHGANYHVTRRALWTDLLSFVDGNTVFIGDFNAVKGAHERRSLAAPLRSSCSEFCDFIEASDMIESPSSGIRFTWSGRILLPRHVESRLDRAFFSPGFANLWASINTNALPRLTSDHSPLIFQCSDEMGKGRRFKFLNMWTSHPNFLERVASSWDAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器