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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001634

染色体: Chr08 坐标: 13548467-13550176 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001634
名称SmilChr08G001634
描述uncharacterized SmilChr08G001634
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13548467 - 13550176 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998097
GeneID130998097
locus_tag-
NCBI NameLOC130998097
原始查询LOC130998097

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=30.2; qcov=0.32; evalue=1.21e-23; confidence=low
RiceOs12g0156200
-
identity=22.3; qcov=0.378; evalue=3.56e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998097

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779514.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057779514.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057779514.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057779514.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057779514.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13548519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:13549163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C53
Chr8:13549274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr8:13549282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A19,C18,C22,C27
Chr8:13549344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C38,C78
Chr8:13549347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B71,B91,C16,C27,C39
Chr8:13549351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C39
Chr8:13549352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C22,C27
Chr8:13549490 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B66,B75,D6
Chr8:13549490 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B66,B75,D6
Chr8:13549497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr8:13549513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923531.1
ATGCGTCTGCCTCCCAGGGGGTCGGGTACTGATTCCGACGCGGTTGCCGTCGGAATGCGATCTACTGGTAATTCATCAAATCTTACAGATAAGCAACCCACCCAGATTCTCACTTATTCCGACATCGTTAGCATCTCCCCTAAGAATGACGATAGAGTTTCTTATGCGAAGGCTACTGGCAAGAAGCCGGTGAAAATACAGGATTTGGCTGCTCACATTTTTCATGATCTGCGGCCTACTAAGGAGGGCGATCAGTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998097
ATGCGTCTGCCTCCCAGGGGGTCGGGTACTGATTCCGACGCGGTTGCCGTCGGAATGCGATCTACTGGTAATTCATCAAATCTTACAGATAAGCAACCCACCCAGATTCTCACTTATTCCGACATCGTTAGCATCTCCCCTAAGAATGACGATAGAGTTTCTTATGCGAAGGCTACTGGCAAGAAGCCGGTGAAAATACAGGATTTGGCTGCTCACATTTTTCATGATCTGCGGCCTACTAAGGAGGGCGATCAGTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779514.1
MRLPPRGSGTDSDAVAVGMRSTGNSSNLTDKQPTQILTYSDIVSISPKNDDRVSYAKATGKKPVKIQDLAAHIFHDLRPTKEGDQFSLKIPKDLYLNEIKAFEFALTGRLFLQKGDKPRSTMELKWELQRLWSLASDWQLIPLGKGYFTLRFTTAEDKATAKGKAVWELSKGLLRLREWTRNFDPFKENSPLADVWVRIHYLPIEYWNPQVISGIGRYLGHPLKIDGASARRDFGQFARILVEIDMSQNLPSTLLIDGED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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