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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003934

染色体: Chr01 坐标: 57631456-57635890 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003934
名称SmilChr01G003934
描述triacylglycerol lipase OBL1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57631456 - 57635890 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998107
GeneID130998107
locus_tag-
NCBI NameLOC130998107
原始查询LOC130998107

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述triacylglycerol lipase OBL1-like
产物triacylglycerol lipase OBL1-like
ArabidopsisAT5G42930 (AT5G42930)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834305]
identity=48.2; qcov=0.973; evalue=5.9e-163; confidence=high
RiceOs02g0767200
-
identity=47.1; qcov=0.952; evalue=3.28e-144; confidence=high
GOGO:0004806 (triacylglycerol lipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057779527.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057779527.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779527.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779527.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779527.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57631597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C53
Chr1:57631636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:57631725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B126,B63,C43
Chr1:57632360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:57632457 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr1:57632457 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr1:57634878 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A20,A21,A3,B108,B25,B49,C23
Chr1:57635281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:57635563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr1:57635646 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A13,A23,B110,B111,B123,B134,B139,B14,B28,B32,B36,B37,B45,B6,B65,B79,B8,B82,B83,B89,B94,C12,C15,C28,C35,C39,C46,C57,C59,C64,C66,C7,C72
Chr1:57635716 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B113
Chr1:57635716 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779527.1
482 aa
N
1
241
482
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 216-373 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779527.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 216 373 1.2e-32 113.5 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923544.1
TTTCACTTTATTTTAATACAAAAATTATAAATATATGCAGGTAATAAAATATAAAAAGTCCAAGCAACTCAATATTTGCTTGGAAGCTACAACAATGGATGAAGAAAACTACTTCTCCAAAAACTATCTTTATCTGAAAGCAGAAGTTGCCAGCTGGTTTGATTGCCTAAGAATTCTACATTCAAATGATTTGGAGAAGAGAGATTTCTGCAACACTCAGATTGGAGGCGGAGTCACCGGATTCCGATACAGATGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998107
ATGCAGGTAATAAAATATAAAAAGTCCAAGCAACTCAATATTTGCTTGGAAGCTACAACAATGGATGAAGAAAACTACTTCTCCAAAAACTATCTTTATCTGAAAGCAGAAGTTGCCAGCTGGTTTGATTGCCTAAGAATTCTACATTCAAATGATTTGGAGAAGAGAGATTTCTGCAACACTCAGATTGGAGGCGGAGTCACCGGATTCCGATACAGATGGATTGTTTTCATCTCTGTGCTGCTCCAGAAAGCCTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779527.1
MQVIKYKKSKQLNICLEATTMDEENYFSKNYLYLKAEVASWFDCLRILHSNDLEKRDFCNTQIGGGVTGFRYRWIVFISVLLQKALLHLKNPMAALGAAIELCLNYPPFNGGYRRLFFNIFTGRVVKPDRTSAKFTSMVGNADRRWDLKRNYYENTAAAFIAIMASKLSYENESFARNIVTHHWEMEFIGFFNFWNDFQEVKSTYATMFRDKNRIVIAFRGTEPFDSDAWRTDIDVSWYEFPGAGKIHGGFMKALGLQKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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