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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002181

染色体: Chr08 坐标: 19708203-19711435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002181
名称SmilChr08G002181
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19708203 - 19711435 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998167
GeneID130998167
locus_tag-
NCBI NameLOC130998167
原始查询LOC130998167

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2
ArabidopsisAT5G38280 (PR5K)
PR5-like receptor kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833810]
identity=56; qcov=0.414; evalue=8.09e-120; confidence=low
RiceOs03g0828800
-
identity=38; qcov=0.99; evalue=1.5e-138; confidence=medium
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0048544 (recognition of pollen)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00954 (S_locus_glycop); PF01453 (B_lectin); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779582.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779582.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779582.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779582.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779582.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19708240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C21,C69
Chr8:19708524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:19708677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:19709028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr8:19709900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:19710295 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B6
Chr8:19710295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:19710417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:19710980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:19711001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr8:19711140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B13,B66,B8
Chr8:19711247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779582.1
806 aa
N
1
403
806
B_lectin
S_locus_glycop
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 70-154 aa PF00954 S_locus_glycop 260-306 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 491-761 aa PF00069 Pkinase 492-760 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779582.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 70 154 4e-23 82.6 D-mannose binding lectin
XP_057779582.1 Pfam PF00954 S_locus_glycop Domain 260 306 2e-06 29.0 S-locus glycoprotein domain
XP_057779582.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 491 761 6.6e-45 154.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057779582.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 492 760 5e-48 164.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923599.1
ATGGCTGCTCTTCTAGCCTTATTTCTCTTCCTTTCTGCTGCCATTTCAGCAGCAGCTCTAGAAGGATACTCATTGATCAAACTATCATCTTACTTAACACCCACATCCAATTCTTGGGTCTCACATTCTGGAACTTTCGCCTTCGGGTTCCACAACACAGAGGATGGCTACATCGTCTGCATCTTTTGCGCCGGCTTCAAGGAGAGGACTGTGGTGTGGACAGCCAACAGAGAGAATCCCATTGTTCCTGACAACGTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998167
ATGGCTGCTCTTCTAGCCTTATTTCTCTTCCTTTCTGCTGCCATTTCAGCAGCAGCTCTAGAAGGATACTCATTGATCAAACTATCATCTTACTTAACACCCACATCCAATTCTTGGGTCTCACATTCTGGAACTTTCGCCTTCGGGTTCCACAACACAGAGGATGGCTACATCGTCTGCATCTTTTGCGCCGGCTTCAAGGAGAGGACTGTGGTGTGGACAGCCAACAGAGAGAATCCCATTGTTCCTGACAACGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779582.1
MAALLALFLFLSAAISAAALEGYSLIKLSSYLTPTSNSWVSHSGTFAFGFHNTEDGYIVCIFCAGFKERTVVWTANRENPIVPDNVVLLLTEDGLVLQRSDSHDIISRIDNSSQPIAGAEMHDNGNFVLYNSNHSVIWQSFDHPTDSLLPGQRLPPGGMLLSRASETDIKTGIFRLRMQYDANLVLYYVYGLDTAIDAYYSTNTYGHGNVTLNLENDGHLYLFDGFSVVLNLTTQGNHIIGTIYLARLDWDGILRLYSRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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