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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002190

染色体: Chr08 坐标: 19782560-19787121 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002190
名称SmilChr08G002190
描述uncharacterized SmilChr08G002190
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19782560 - 19787121 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998168
GeneID130998168
locus_tag-
NCBI NameLOC130998168
原始查询LOC130998168

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779583.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057779583.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057779583.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779583.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779583.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19782589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr8:19782625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr8:19782684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr8:19782710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:19782735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr8:19782750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr8:19782768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr8:19783748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A16,B71
Chr8:19783754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr8:19783759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:19783777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C29
Chr8:19783810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,C17,C58,C63,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923600.1
ATGGTGGATAACAAAGTGGAAGTGCCAGCGCTGCCAAGATTATCCCTGACGAACTCAGCAGTACAGAATCTCTCAAAGTCAAAGTCAGCGCTACTGCAGTCAGCGCTGCCGAATCCAGCTCCGCCGATGTCAGCGCTGCCAAGTCCAGCTCTGCCTAATTCAGCTCTGAATAGCTCTGCCTTCACAAGAGCAGAGCTGCCGAGCTCAGCACAGCCCAGACCAGAGATGCCGAGCTCAGCTCTGACCAGCCCTACCAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998168
ATGGTGGATAACAAAGTGGAAGTGCCAGCGCTGCCAAGATTATCCCTGACGAACTCAGCAGTACAGAATCTCTCAAAGTCAAAGTCAGCGCTACTGCAGTCAGCGCTGCCGAATCCAGCTCCGCCGATGTCAGCGCTGCCAAGTCCAGCTCTGCCTAATTCAGCTCTGAATAGCTCTGCCTTCACAAGAGCAGAGCTGCCGAGCTCAGCACAGCCCAGACCAGAGATGCCGAGCTCAGCTCTGACCAGCCCTACCAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779583.1
MVDNKVEVPALPRLSLTNSAVQNLSKSKSALLQSALPNPAPPMSALPSPALPNSALNSSAFTRAELPSSAQPRPEMPSSALTSPTNGEKVFIQEHEYMEAFAGSADMEELAKEAEESALPEESALPQPALPIPALLQSTLPSSAPFSHTELPFDEQMETKRSALELKELPANLKYVFLEAGEEKPVIISSTLTWEQEAALLKVLKRNKAALGWSLADIRGISPATCMHKINLEERATPKRDAQRRLNPILMDVVRKEILK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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