Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002256`

染色体: Chr08 坐标: 20798579-20799773 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002256`
名称	SmilChr08G002256
描述	uncharacterized SmilChr08G002256
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	20798579 - 20799773 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998183`
GeneID	`130998183`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998183`
原始查询	`LOC130998183`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=38.9; qcov=0.811; evalue=7.32e-54; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=41.1; qcov=0.921; evalue=1.24e-66; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779598.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057779598.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779598.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779598.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779598.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:20798604`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	65	A1,A14,A16,A18,A21,A25,A5,B1,B103,B104,B106,B107,B117,B12,B120,B126,B13,B15,B17,B21,B28,B3,B31,B33,B36,B4,B44,B46,B50,B59,B62,B65,B72,B73,B75,B86,B94,B99,C10,C13,C14,C2,C22,C26,C34,C36,C38,C4,C40,C47,C5,C57,C64,C66,C72,C74,C8,C82,C83,C85,C86,C87,D10,D11,D7
`Chr8:20798633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:20798673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	50	A23,A9,B101,B102,B11,B114,B115,B125,B128,B129,B135,B138,B14,B16,B19,B24,B27,B35,B41,B42,B43,B47,B5,B53,B55,B60,B68,B93,C1,C11,C12,C13,C19,C21,C29,C36,C37,C43,C45,C46,C61,C63,C69,C7,C71,C80,D10,D2,D4,D7
`Chr8:20798750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr8:20798752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A3,B31,D4
`Chr8:20798758`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A3,B104,B26,B56,C23
`Chr8:20798758`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A3,B104,B26,B56,C23
`Chr8:20798768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,A3,B31
`Chr8:20798781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C83
`Chr8:20798782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B104,B12,B139,B26,B56,B86,C23
`Chr8:20798820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C17
`Chr8:20798825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B27,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779598.1

317 aa

158

317

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 136-172 aa PF04827 Plant_tran 182-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779598.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	136	172	1.4e-37	130.1	Plant transposon protein
`XP_057779598.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	182	282	1.4e-37	130.1	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923615.1
ATGACATCTACAGTCAACGAAGATAAGTGGAAGCATCTCCAAGAGGCTGTGACTAAACAATTGAGTCTGCAAGAGGTACAACTCAAGCTTCAAGAGGAACAACTCAAGCTTCAACATATTGAGTTTTGTAGACAGGATACTAGTGGCATGTCGGAGGATGAACTCTACAACCATTTCAAGATTATTGTTGATGCGATGAGCAATTACTCACCCTATTTCACATTGAGGCAAGATGCAACTGGAAGGAATGGCTTATCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998183
ATGACATCTACAGTCAACGAAGATAAGTGGAAGCATCTCCAAGAGGCTGTGACTAAACAATTGAGTCTGCAAGAGGTACAACTCAAGCTTCAAGAGGAACAACTCAAGCTTCAACATATTGAGTTTTGTAGACAGGATACTAGTGGCATGTCGGAGGATGAACTCTACAACCATTTCAAGATTATTGTTGATGCGATGAGCAATTACTCACCCTATTTCACATTGAGGCAAGATGCAACTGGAAGGAATGGCTTATCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779598.1
MTSTVNEDKWKHLQEAVTKQLSLQEVQLKLQEEQLKLQHIEFCRQDTSGMSEDELYNHFKIIVDAMSNYSPYFTLRQDATGRNGLSPLQKCTASIRQLTYAAPGDSLDEYMRMGESTALECLHEFCRSMIAIYGDRYLRSPNAADTQRLLQMHEERHGFPGMLGSLDCMHWDLGVEELPCRLQRGNAPPVQFMVNGRMYNRWNLSNLGFIRQELPSTRRSGQAKISQRQEAARKDIERAFGVLQARWAVVRNPARSYFKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器