当前解析结果
SmilChr08G002306| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002306 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002306 |
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21725398 - 21726552 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998189 |
|---|---|
| GeneID | 130998189 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998189 |
| 原始查询 | LOC130998189 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| 产物 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| Arabidopsis | AT1G10150 (AT1G10150)Carbohydrate-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837552] identity=38.86; qcov=0.977; evalue=5.04e-100; confidence=medium |
| Rice | Os03g0769900 (OSJNBb0106M04.4)- identity=36.98; qcov=0.789; evalue=6.75e-57; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30836 (PP2-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998189 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.60000 | XP_057779604.1 |
| 2 | Peroxisome membrane | 过氧化物酶体膜 | 0.60000 | XP_057779604.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057779604.1 |
| 4 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057779604.1 |
| 5 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057779604.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21725650 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr8:21725875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:21725887 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B124,C24,C3 |
Chr8:21726172 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B124,C24,C26,C3 |
Chr8:21726184 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B124,C24,C26,C3 |
Chr8:21726325 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B124,C24,C26,C3 |
Chr8:21726384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:21726448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779604.1PF30836
PP2-like 24-354 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779604.1 |
Pfam | PF30836 |
PP2-like | Domain | 24 | 354 | 4.6e-129 | 431.2 | Phloem protein 2-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。