Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002329`

染色体: Chr08 坐标: 21957293-21958290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002329`
名称	SmilChr08G002329
描述	glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21957293 - 21958290 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998193`
GeneID	`130998193`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998193`
原始查询	`LOC130998193`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T3-like
产物	glutathione S-transferase T3-like
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=29.2; qcov=0.569; evalue=5.11e-13; confidence=low
Rice	`Os11g0303800` - identity=27.5; qcov=0.569; evalue=8.04e-12; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779607.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779607.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779607.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779607.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779607.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21957342`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B54,B63,D3
`Chr8:21957347`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B104,B136,B47,B85,C18,C27,C45,C51,C58,C79
`Chr8:21957412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:21957427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A3,B131,B40,C28
`Chr8:21957519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:21957525`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	29	A4,B110,B125,B140,B16,B18,B21,B25,B47,B6,B63,B8,B82,B85,B91,B95,C10,C12,C14,C15,C18,C29,C63,C64,C65,C66,C70,C72,D5
`Chr8:21957579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,A3,B40,C28
`Chr8:21957592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:21957627`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:21957633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B17,B73,C82
`Chr8:21957646`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A13,B125,B27,B34,B38,B39,B40,B49,B59,B6,B63,B86,B91,B99,C15,C26,C33,D7
`Chr8:21957654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,A25,B48,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923624.1
ATGGACCCAAGAAATTTCTTCTCAAATTCTCCAAATATGATGAACTCTCAAAATTATTCTCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTCATATCCAAGATTTTGAAAACAATTCCAACCCCCAGTTTCCAAATAATCTCACTCATGAAAATGTCCAACCTACAGACACAAACAATTCAGGTGGTCCAAAAGGATGGACAGATCAAGAAGACTTGGCGCTAATGTATGCTTGGTGTAACGCTAGCTCGAATCCAATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998193
ATGGACCCAAGAAATTTCTTCTCAAATTCTCCAAATATGATGAACTCTCAAAATTATTCTCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTCATATCCAAGATTTTGAAAACAATTCCAACCCCCAGTTTCCAAATAATCTCACTCATGAAAATGTCCAACCTACAGACACAAACAATTCAGGTGGTCCAAAAGGATGGACAGATCAAGAAGACTTGGCGCTAATGTATGCTTGGTGTAACGCTAGCTCGAATCCAATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779607.1
MDPRNFFSNSPNMMNSQNYSQDYYPNLDNIHIQDFENNSNPQFPNNLTHENVQPTDTNNSGGPKGWTDQEDLALMYAWCNASSNPIVGTNQNGGTFWKQISEMYEEARADHSRLMGEKRSIESLRNRYKRLNTNVTKWVAVYKEAYDRKSSGISDADVEKEAQKLYGKTKFTHLEVFEKVMLEYDDDVGVEDDRGSSKKSRTTEEAEDPNDSTSETHVSETSTIRRPAGREKAKAKRKGKATVSQHSAIPDEYTAELQAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器