当前解析结果
SmilChr08G002393| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002393 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002393 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 22687628 - 22688648 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998202 |
|---|---|
| GeneID | 130998202 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998202 |
| 原始查询 | LOC130998202 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=30.8; qcov=0.573; evalue=7.93e-14; confidence=low |
| Rice | Os08g0125300- identity=29.2; qcov=1.06; evalue=3.95e-24; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998202 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779615.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779615.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779615.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779615.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779615.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:22687666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C76,D8 |
Chr8:22688117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | A10,B34,B45,B56,B96,C53,C54,C6,C78,C84,C85 |
Chr8:22688118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr8:22688121 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688121 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688122 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688122 |
A |
AGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688128 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688128 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688133 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688133 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr8:22688139 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C76,D8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。