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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002401

染色体: Chr08 坐标: 22793744-22794823 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002401
名称SmilChr08G002401
描述uncharacterized SmilChr08G002401
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22793744 - 22794823 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998204
GeneID130998204
locus_tag-
NCBI NameLOC130998204
原始查询LOC130998204

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817895]; symbol=AT2G33320; hit=AT2G33320; species=arabidopsis; confidence=low
产物Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817895]; symbol=AT2G33320; hit=AT2G33320; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G33320 (AT2G33320)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817895]
identity=49.3; qcov=0.423; evalue=3.3e-36; confidence=low
RiceOs01g0659800
-
identity=33.8; qcov=0.396; evalue=1.98e-12; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779617.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779617.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779617.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779617.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779617.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22793804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr8:22793905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:22793950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:22794008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:22794017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:22794138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:22794180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B51,C29,C35
Chr8:22794196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B66,B8,C17
Chr8:22794235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B135,B35,C61,C62
Chr8:22794267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B24,B44,B60
Chr8:22794293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:22794298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779617.1
359 aa
N
1
180
359
C2
C
PF00168 C2 32-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779617.1 Pfam PF00168 C2 Domain 32 121 3.3e-14 53.7 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923634.1
ATGGAGCCCTCCTCGGCGCCCAATGCGATCGGCTCTACCGTGATGGAATCGTGCATCTCCGGTCAATCTCCACCGCCCTCCAAAAATTCATATTCTTTGGAGATTAGCCTAATTTCCGCTCAAGATTTGGCGCCGGTGTCGAAATCAATGCAACCCTACGCGGTGACGTGGATTTATCCTAATCGCAAGAACATTACCCAAGTCGACCAAGAAGGCCACAAAAATCCAAAGTGGAACGAGAAATTCAACTTCCGCCTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998204
ATGGAGCCCTCCTCGGCGCCCAATGCGATCGGCTCTACCGTGATGGAATCGTGCATCTCCGGTCAATCTCCACCGCCCTCCAAAAATTCATATTCTTTGGAGATTAGCCTAATTTCCGCTCAAGATTTGGCGCCGGTGTCGAAATCAATGCAACCCTACGCGGTGACGTGGATTTATCCTAATCGCAAGAACATTACCCAAGTCGACCAAGAAGGCCACAAAAATCCAAAGTGGAACGAGAAATTCAACTTCCGCCTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779617.1
MEPSSAPNAIGSTVMESCISGQSPPPSKNSYSLEISLISAQDLAPVSKSMQPYAVTWIYPNRKNITQVDQEGHKNPKWNEKFNFRLKDGMPEDATVTVEIYTLSWFRDVLVGSVSVPIRDLIAPLAQTPPNCNKNTRFVTLQIRTSSGSPQGILNIGVTLRDGATIKSAPLNRPPGKVLQQEHGNEDPIDDHKMELISKIEMWRSMSTGSGPQDEDFTLKPGSIVNGSMCDNGSEICSDIGPSASVVAAELAMKLMPPPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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