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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002418

染色体: Chr08 坐标: 22974539-22976256 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002418
名称SmilChr08G002418
描述uncharacterized SmilChr08G002418
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22974539 - 22976256 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998207
GeneID130998207
locus_tag-
NCBI NameLOC130998207
原始查询LOC130998207

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G24255 (AT3G24255)
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]
identity=30.4; qcov=0.285; evalue=1.15e-14; confidence=weak
RiceOs06g0484800
-
identity=25.6; qcov=1.18; evalue=5.53e-53; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998207

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779620.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779620.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057779620.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779620.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22974604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:22974623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B7,D3
Chr8:22974677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B124
Chr8:22974691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:22974699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B47,C33,C72
Chr8:22974707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr8:22974751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr8:22974758 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B97
Chr8:22974758 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B97
Chr8:22974761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C82
Chr8:22974764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C82
Chr8:22974784 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A20,A3,B105,B118,B124,B130,B21,B40,B56,B75,B80,C26,C83,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923637.1
ATGTGGTTACGAGATGAGCGGTGTGGGGAGTTCTGTAAGGAACTTTGGCAAACGGGTGGGGCAGCTCTTTTGGCAGATGATGTTTCCTTGAAGATACAGATGATGGGAAGGGAACTGAAATTATGGGAATCGAGGAGCTTTGGTCGTGTTAAAAAACGATGCAGCGAGATTAGAAAGGAATTAGCAGAATTACAAAAACCATCGTTGGAGGCTTCGACGAAAGATGACCAGCGGGCTCTTGAGAATGAACTTGATGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998207
ATGTGGTTACGAGATGAGCGGTGTGGGGAGTTCTGTAAGGAACTTTGGCAAACGGGTGGGGCAGCTCTTTTGGCAGATGATGTTTCCTTGAAGATACAGATGATGGGAAGGGAACTGAAATTATGGGAATCGAGGAGCTTTGGTCGTGTTAAAAAACGATGCAGCGAGATTAGAAAGGAATTAGCAGAATTACAAAAACCATCGTTGGAGGCTTCGACGAAAGATGACCAGCGGGCTCTTGAGAATGAACTTGATGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779620.1
MWLRDERCGEFCKELWQTGGAALLADDVSLKIQMMGRELKLWESRSFGRVKKRCSEIRKELAELQKPSLEASTKDDQRALENELDELLQREDVMWKQRSRTDWMAEGDRNTSYFHKVAEGRRSRNHIREIKMVDGRVTRKNEEMDEVFRSYFQELFTLESPHNPDVVLQSIEPVVTEEMNRELTASYTQEEIVQALKQIHPLKAPGPDGMSVVFYNSCWSSARFEVVPILLDILNNGATPRLKRCLPSIIHESQSAFVPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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