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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002486

染色体: Chr08 坐标: 23760438-23760794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002486
名称SmilChr08G002486
描述protein DMP9-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23760438 - 23760794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998218
GeneID130998218
locus_tag-
NCBI NameLOC130998218
原始查询LOC130998218

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DMP9-like
产物protein DMP9-like
ArabidopsisAT1G09157 (AT1G09157)
transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766688]
identity=36.8; qcov=1.13; evalue=5.25e-11; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779630.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057779630.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779630.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779630.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23760452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C23
Chr8:23760483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:23760530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:23760571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B7
Chr8:23760580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A25,B23,B37,C70
Chr8:23760596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:23760615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:23760617 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 27 A6,A7,B10,B103,B105,B123,B14,B23,B25,B28,B54,B57,B62,B67,B83,B89,C18,C25,C27,C37,C46,C6,C60,C76,C8,C9,D4
Chr8:23760680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr8:23760776 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr8:23760776 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923647.1
ATGGAGAAATTAGCGTCAGAGCGCATTGGCATCAGAATCAACACAGCCACTCCCAATGTGGAACCCCTGCCTACACCTCTGCCGCTCTACCTCTCTACTGGCAACCCTCCGACAATCGGACGCACGAGGCAAGCGGTTGTGAGCGGCGTGCAGAAGACGCTCTCGAAAACCTTCCTGCTAGCCAACTTCCTCCCTATCATAACCATTTTGACCTTCAAAATTGTGATGCCACCGATCTACGCCAGCGGCGAGTGCTCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998218
ATGGAGAAATTAGCGTCAGAGCGCATTGGCATCAGAATCAACACAGCCACTCCCAATGTGGAACCCCTGCCTACACCTCTGCCGCTCTACCTCTCTACTGGCAACCCTCCGACAATCGGACGCACGAGGCAAGCGGTTGTGAGCGGCGTGCAGAAGACGCTCTCGAAAACCTTCCTGCTAGCCAACTTCCTCCCTATCATAACCATTTTGACCTTCAAAATTGTGATGCCACCGATCTACGCCAGCGGCGAGTGCTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779630.1
MEKLASERIGIRINTATPNVEPLPTPLPLYLSTGNPPTIGRTRQAVVSGVQKTLSKTFLLANFLPIITILTFKIVMPPIYASGECSVVTHRTVKLCFGCSTFECNSGSLYGDVRVRER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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