当前解析结果
SmilChr08G002486| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002486 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002486 |
| 描述 | protein DMP9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 23760438 - 23760794 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998218 |
|---|---|
| GeneID | 130998218 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998218 |
| 原始查询 | LOC130998218 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DMP9-like |
| 产物 | protein DMP9-like |
| Arabidopsis | AT1G09157 (AT1G09157)transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766688] identity=36.8; qcov=1.13; evalue=5.25e-11; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998218 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057779630.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057779630.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779630.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779630.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779630.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:23760452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,C23 |
Chr8:23760483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,B41,C15 |
Chr8:23760530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:23760571 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,B7 |
Chr8:23760580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,A25,B23,B37,C70 |
Chr8:23760596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,B41,C15 |
Chr8:23760615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:23760617 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 27 | A6,A7,B10,B103,B105,B123,B14,B23,B25,B28,B54,B57,B62,B67,B83,B89,C18,C25,C27,C37,C46,C6,C60,C76,C8,C9,D4 |
Chr8:23760680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr8:23760776 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr8:23760776 |
A |
ATG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B104 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。