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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002569

染色体: Chr08 坐标: 25062821-25063888 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002569
名称SmilChr08G002569
描述uncharacterized SmilChr08G002569
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25062821 - 25063888 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998233
GeneID130998233
locus_tag-
NCBI NameLOC130998233
原始查询LOC130998233

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998233

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779647.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779647.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779647.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779647.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779647.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25062856 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B104,D11
Chr8:25062856 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B104,D11
Chr8:25062880 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 44 A10,A19,A21,B100,B104,B115,B121,B122,B124,B137,B16,B20,B27,B29,B3,B34,B45,B56,B60,B65,B69,B71,B85,B86,B89,B9,B96,C1,C14,C18,C31,C45,C54,C59,C78,C80,C84,C85,D1,D11,D3,D4,D5,D6
Chr8:25062953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:25062962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,C12,C4,C73
Chr8:25063007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:25063015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:25063042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C39,C83
Chr8:25063088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B107,B123,C46
Chr8:25063135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B13
Chr8:25063141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:25063171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923664.1
ATGAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGTCTTCACCTTTTTCCATTCTCACTCTGGGATAAGGCGAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGGGGGACCTGGCTGATCTTTTTCTGCGAAAGTTTCATCCTCTCGGGCTTACCTTGAAGCTAAAGATGGATATTCTCCAATTTCAGCAATTTGATGGAGAGACGTTGGCGGAGACATGGGAGAGATACCAGGAGAAGCTCAAGAAGTGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998233
ATGAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGTCTTCACCTTTTTCCATTCTCACTCTGGGATAAGGCGAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGGGGGACCTGGCTGATCTTTTTCTGCGAAAGTTTCATCCTCTCGGGCTTACCTTGAAGCTAAAGATGGATATTCTCCAATTTCAGCAATTTGATGGAGAGACGTTGGCGGAGACATGGGAGAGATACCAGGAGAAGCTCAAGAAGTGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779647.1
MNGVPDDIIRLHLFPFSLWDKAKSWYQTLQLGANPVWGDLADLFLRKFHPLGLTLKLKMDILQFQQFDGETLAETWERYQEKLKKCPSHGFDESTQVVMFYNACGERTRMFMDTAAGGSLLKRGSSEAMEIIENMATTCYQWPSERIQLKKVAAASSLDPMTLFATQIAELTSKINALTTTKMEPDVENPMMMEEANFVNNGNFQRGFYITNGVINEEKKPNLEELLMKYITKSNERMERIESTTAVLGTQMKMFETQLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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