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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002574

染色体: Chr08 坐标: 25085271-25085928 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002574
名称SmilChr08G002574
描述uncharacterized SmilChr08G002574
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25085271 - 25085928 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998235
GeneID130998235
locus_tag-
NCBI NameLOC130998235
原始查询LOC130998235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=26.5; qcov=0.922; evalue=7.83e-11; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=33.1; qcov=0.706; evalue=2.96e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779650.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779650.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779650.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779650.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779650.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25085274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B25,B43,B88,C67
Chr8:25085284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr8:25085289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:25085308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,C31,C49,C55,C82
Chr8:25085316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B26,B64,C37
Chr8:25085351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,D2
Chr8:25085370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:25085379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C71
Chr8:25085387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D8,D9
Chr8:25085445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:25085447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B44,C71
Chr8:25085450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923667.1
ATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGCCGATCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCATCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAGATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATACGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998235
ATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGCCGATCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCATCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAGATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATACGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779650.1
MPAASKRSNYYPAETVLICRLYCEHTHDSVVGADQKGAKFWGSICAEYNAKRPEGSISRDVTQIKSHFQRVSKDTKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDIQILEQAEAMWLAEYRVPFRYSHAWKILRESKKFSSLGGDVHSDVHSDKRSKGSDGLPTTTSSDASISTRPQGQKAAKRDKRKAC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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