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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003951`

染色体: Chr01 坐标: 57888233-57891947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003951`
名称	SmilChr01G003951
描述	low-temperature-induced cysteine proteinase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57888233 - 57891947 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998254`
GeneID	`130998254`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998254`
原始查询	`LOC130998254`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	low-temperature-induced cysteine proteinase-like
产物	low-temperature-induced cysteine proteinase-like
Arabidopsis	`AT1G47128` (RD21A) Granulin repeat cysteine protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841122] identity=66.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0670200` - identity=62; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0005615 (GO:0005615); GO:0005764 (lysosome); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGG	-
Pfam	PF00112 (Peptidase_C1); PF00396 (Granulin); PF08246 (Inhibitor_I29)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057779671.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779671.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779671.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779671.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779671.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57888524`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	23	A19,A21,B101,B16,B18,B26,B31,B37,B38,B52,B73,B74,B85,B86,C10,C18,C38,C39,C4,C41,C52,C57,C83
`Chr1:57888527`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	23	A19,A21,B101,B16,B18,B26,B31,B37,B38,B52,B73,B74,B85,B86,C10,C18,C38,C39,C4,C41,C52,C57,C83
`Chr1:57888895`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr1:57888895`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr1:57888898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr1:57888947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr1:57889690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B29,B4
`Chr1:57891231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779671.1

458 aa

229

458

Inhibitor_I29

Peptidase_C1

Granulin

PF08246 Inhibitor_I29 43-100 aa PF00112 Peptidase_C1 131-346 aa PF00396 Granulin 380-426 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779671.1`	Pfam	`PF08246`	Inhibitor_I29	Domain	43	100	8.9e-20	71.5	Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)
`XP_057779671.1`	Pfam	`PF00112`	Peptidase_C1	Domain	131	346	6.2e-89	298.5	Papain family cysteine protease
`XP_057779671.1`	Pfam	`PF00396`	Granulin	Family	380	426	9e-09	36.1	Granulin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923688.1
GAATTCGGAAGCATGCGACTTTCAATTCCAAAAGTTTCGCAAATAAAATTATAATTACATAAGTAGCTAGAATTGAAAAGAAAATGAGAAGACATTTGAAATAAAACATTGCATAAGTGTGGCATATTTATTGGAGGATGAAGCAGAGCCCTTGTTGCCCCTATTTGGGAGCCTGAAATTTTGGAAGCTGCATTTCACTTTGCTCATTCATCACATACGATACGACGCATCCACGATCATAATCCGCATACAATATTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998254
ATGCCTACAAACTCTCTGCTCCTCCTCTCTCTCTGTCTCCCCCTCTTCCTCGCCCAGACATGGGCCGCCGACATGTCCATCATCTCCTACGACGCCGCCCGGACCGACGAGGAGTTCACGGCGATGTACGAGTCGTGGATCGTGAAGCACGGCAAGTCTTACAATGCCCTCGGCGAGAAGGAGAAGCGCTTCCAGATTTTTAAGGACAATCTCAAGTACGTCGAGGAGCAGAACGCCGTCGAGGGGCGGACCTACAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779671.1
MPTNSLLLLSLCLPLFLAQTWAADMSIISYDAARTDEEFTAMYESWIVKHGKSYNALGEKEKRFQIFKDNLKYVEEQNAVEGRTYKLGLNRFADLTNQEYRINHLGTRPRAARRLAATKSDRYALRDGDDLPDSVDWRTKGAVAPVKDQGSCGSCWAFSTIAAVESINQIKTGSLISLSEQELVDCDTSYNQGCNGGLMDYAFEFIIKNGGIDSDEDYPYTGRDGKCDTYRKNAKVVSIDDYEDVPVNNEKALQKAVANQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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