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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003959

染色体: Chr01 坐标: 57959319-57970080 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003959
名称SmilChr01G003959
描述kinesin-like protein KIN-4A
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57959319 - 57970080 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998267
GeneID130998267
locus_tag-
NCBI NameLOC130998267
原始查询LOC130998267

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-4A
产物kinesin-like protein KIN-4A
ArabidopsisAT5G47820 (FRA1)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834833]
identity=70.7; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0114500 (BC12)
kinesin-like protein KIN-4A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4346402]
identity=67.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0007052 (mitotic spindle organization); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd); PF25764 (KIF21A_4th)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057779684.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057779684.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057779684.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057779692.1
5 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057779684.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57959739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:57961059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B133,B29,B4,C82
Chr1:57961665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B24
Chr1:57962124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C32,C68
Chr1:57962179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B9,C58,C85
Chr1:57962201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr1:57962747 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C36
Chr1:57962747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:57962761 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A16,B128,B130,B27,B88,C17,C42,C58
Chr1:57963205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:57963391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:57966345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B56,B76,B96,C16,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779684.1
1036 aa
N
1
518
1036
Kinesin
Microtub_bd
KIF21A_4th
C
PF00225 Kinesin 42-368 aa PF16796 Microtub_bd 43-151 aa PF25764 KIF21A_4th 478-659 aa
XP_057779688.1
1033 aa
N
1
516
1033
Kinesin
Microtub_bd
KIF21A_4th
C
PF00225 Kinesin 42-368 aa PF16796 Microtub_bd 43-151 aa PF25764 KIF21A_4th 478-656 aa
XP_057779692.1
798 aa
N
1
399
798
Kinesin
KIF21A_4th
C
PF00225 Kinesin 21-130 aa PF25764 KIF21A_4th 240-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779684.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 42 368 1.6e-102 343.6 Kinesin motor domain
XP_057779684.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 43 151 4.5e-20 72.9 Microtubule binding
XP_057779684.1 Pfam PF25764 KIF21A_4th Domain 478 659 2.5e-50 171.4 KIF21A-like domain
XP_057779688.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 42 368 1.6e-102 343.6 Kinesin motor domain
XP_057779688.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 43 151 4.3e-20 72.9 Microtubule binding
XP_057779688.1 Pfam PF25764 KIF21A_4th Domain 478 656 5.1e-53 180.2 KIF21A-like domain
XP_057779692.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 21 130 2.8e-44 152.2 Kinesin motor domain
XP_057779692.1 Pfam PF25764 KIF21A_4th Domain 240 421 1.7e-50 172.0 KIF21A-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923705.1
CGCATACATTACTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACAATATACAGTCTATTTCGCAGTCTTCGACACCTCTCTCTCTGCTGCATCATTTTCTGCTCCAAGAAACACTCTTCCCGTCTCTTCCCTGCCGCGATTCTGCTAACTGAATTCTTTTTTGAGAGGGTGCTAACTGAATTCATATATTCAGTTTCCTCTATCAATGGAAGCTAATTCTTCTGGCGAAGATTGTTCTGTGAAAGTGGCAGTTCACAT...
XM_057923701.1
CGCATACATTACTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACAATATACAGTCTATTTCGCAGTCTTCGACACCTCTCTCTCTGCTGCATCATTTTCTGCTCCAAGAAACACTCTTCCCGTCTCTTCCCTGCCGCGATTCTGCTAACTGAATTCTTTTTTGAGAGGGTGCTAACTGAATTCATATATTCAGTTTCCTCTATCAATGGAAGCTAATTCTTCTGGCGAAGATTGTTCTGTGAAAGTGGCAGTTCACAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130998267
ATGGAAGCTAATTCTTCTGGCGAAGATTGTTCTGTGAAAGTGGCAGTTCACATCAGGCCGCTGATCGGACTCGAAAAGCTTCAGGGCTGTAAAGATTGCGTCTCCGTACTACCTGGGGAGCCTCAGGTCCAAATTGGCTCCCATTCATTTACATTTGATCATGTTTATGCAAGTACTGGCTCTCCCTCAACGGCAATGTACGAAGAATGTGTAGCTCCTCTTGTTGATGGCTTATTTCAAGGTTATAATGCTACTGTTCT...
LOC130998267
ATGGAAGCTAATTCTTCTGGCGAAGATTGTTCTGTGAAAGTGGCAGTTCACATCAGGCCGCTGATCGGACTCGAAAAGCTTCAGGGCTGTAAAGATTGCGTCTCCGTACTACCTGGGGAGCCTCAGGTCCAAATTGGCTCCCATTCATTTACATTTGATCATGTTTATGCAAGTACTGGCTCTCCCTCAACGGCAATGTACGAAGAATGTGTAGCTCCTCTTGTTGATGGCTTATTTCAAGGTTATAATGCTACTGTTCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057779684.1
MEANSSGEDCSVKVAVHIRPLIGLEKLQGCKDCVSVLPGEPQVQIGSHSFTFDHVYASTGSPSTAMYEECVAPLVDGLFQGYNATVLAYGQTGSGKTYTMGTSLKDGCQTGLIPKVMNALFSKIESQKGDIEFQLHVSFIEIHNEEVRDLLDLSSSSKQETANGNAAKVTIPGKPPIQIRETSNGVITLAGSTECSVKTLKEMADCLEQGSLSRATGSTNMNNQSSRSHAIFTITMEQMHRLHPGDSSDSNLSDCMTEEY...
XP_057779688.1
MEANSSGEDCSVKVAVHIRPLIGLEKLQGCKDCVSVLPGEPQVQIGSHSFTFDHVYASTGSPSTAMYEECVAPLVDGLFQGYNATVLAYGQTGSGKTYTMGTSLKDGCQTGLIPKVMNALFSKIESQKGDIEFQLHVSFIEIHNEEVRDLLDLSSSSKQETANGNAAKVTIPGKPPIQIRETSNGVITLAGSTECSVKTLKEMADCLEQGSLSRATGSTNMNNQSSRSHAIFTITMEQMHRLHPGDSSDSNLSDCMTEEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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