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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002823`

染色体: Chr08 坐标: 28067270-28067896 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002823`
名称	SmilChr08G002823
描述	uncharacterized SmilChr08G002823
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	28067270 - 28067896 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998275`
GeneID	`130998275`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998275`
原始查询	`LOC130998275`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0433800; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0433800; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=48.9; qcov=0.678; evalue=4.64e-31; confidence=medium
Rice	`Os11g0433800` - identity=50.5; qcov=0.923; evalue=5.85e-60; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779690.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057779690.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057779690.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779690.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779690.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:28067270`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B126,B46,B80,D5
`Chr8:28067270`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B126,B46,B80,D5
`Chr8:28067286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B46,B80,D5
`Chr8:28067292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C29
`Chr8:28067306`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	A14,A18,A5,B108,B11,B123,B130,B14,B23,B33,B37,B42,B43,B49,B60,B64,B66,B77,B8,B91,B97,C19,C23,C32,C33,C68,C72,C84,D6,D9
`Chr8:28067329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C69
`Chr8:28067333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C20
`Chr8:28067333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr8:28067376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B111,B89,C23
`Chr8:28067387`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr8:28067387`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr8:28067403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B55,B57,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779690.1

208 aa

104

208

DUF8418

Plant_tran

PF28509 DUF8418 58-97 aa PF04827 Plant_tran 165-208 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779690.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	97	2.3e-19	69.6	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057779690.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	165	208	2.3e-13	50.9	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923707.1
ATGTCTTCATCTACATCAAGTGGCGCCGACGAGGAACACATCCAAAAATTCGACCAAGTCCTTCAACAATTTTATCAAATTGTTGAAGCTATTGATGAACCGGAGCCGGATCAACCACGCCCTCGAAGAAGGCCGATCAAGAAAGCGTACATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGAGCTTTACGATTGTACGAGGATTATTTTGCAGAAAATCCGGTCTACACCGATGCTATTTTCCGGAGTCGATTTCGTATGTGTCGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998275
ATGTCTTCATCTACATCAAGTGGCGCCGACGAGGAACACATCCAAAAATTCGACCAAGTCCTTCAACAATTTTATCAAATTGTTGAAGCTATTGATGAACCGGAGCCGGATCAACCACGCCCTCGAAGAAGGCCGATCAAGAAAGCGTACATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGAGCTTTACGATTGTACGAGGATTATTTTGCAGAAAATCCGGTCTACACCGATGCTATTTTCCGGAGTCGATTTCGTATGTGTCGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779690.1
MSSSTSSGADEEHIQKFDQVLQQFYQIVEAIDEPEPDQPRPRRRPIKKAYIRRDREAGALRLYEDYFAENPVYTDAIFRSRFRMCRPLFLRIVDKVQSDPYFQQQEDATGRPGFTPLQKCTIAIRMLANGGAADQYDEYLRIAESTSLDCMRRFCAVVIQRFGTEYLRRPTPADYQRLMAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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