当前解析结果
SmilChr08G002944| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002944 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002944 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002944 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 29455712 - 29456605 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998297 |
|---|---|
| GeneID | 130998297 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998297 |
| 原始查询 | LOC130998297 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=36.5; qcov=0.787; evalue=6.21e-33; confidence=medium |
| Rice | Os11g0577650- identity=53.9; qcov=0.758; evalue=3.45e-66; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998297 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779711.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.80000 | XP_057779711.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057779711.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779711.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779711.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:29455856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B89,B99 |
Chr8:29455887 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B88 |
Chr8:29455925 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A1,A13,A7,B108,B113,B135,B16,B20,B22,B4,B44,B64,B70,C2,C28,C35,C44,C46,C56,C60,C63,C68 |
Chr8:29455929 |
C |
CGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 28 | A1,A13,A2,A7,B108,B113,B135,B139,B16,B20,B22,B4,B44,B64,B70,B73,B77,B89,C2,C28,C35,C40,C44,C46,C56,C60,C63,C68 |
Chr8:29455937 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A1,A13,A2,A7,B101,B108,B113,B135,B139,B16,B20,B22,B4,B44,B64,B70,B73,B77,B89,C2,C28,C35,C37,C40,C44,C46,C56,C60,C63,C68,D1 |
Chr8:29455939 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A1,A13,A2,A7,B101,B108,B113,B135,B139,B16,B20,B22,B4,B44,B64,B70,B73,B77,B89,C2,C28,C35,C37,C40,C44,C46,C56,C60,C63,C68,D1 |
Chr8:29455942 |
G |
GCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 31 | A1,A13,A2,A7,B101,B108,B113,B135,B139,B16,B20,B22,B4,B44,B64,B70,B73,B77,B89,C2,C28,C35,C37,C40,C44,C46,C56,C60,C63,C68,D1 |
Chr8:29456100 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B117,B89,C16,C67 |
Chr8:29456124 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B108,B89,C67 |
Chr8:29456124 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B108,B89,C67 |
Chr8:29456131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B89,C67 |
Chr8:29456137 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779711.1PF26138
DUF8040 63-146 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 178-234 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779711.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 63 | 146 | 1e-23 | 83.7 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057779711.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 178 | 234 | 3.7e-07 | 30.6 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。