Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003038`

染色体: Chr08 坐标: 30557129-30557941 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003038`
名称	SmilChr08G003038
描述	putative protein FAR1-RELATED SEQUENCE 10
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30557129 - 30557941 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998307`
GeneID	`130998307`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998307`
原始查询	`LOC130998307`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative protein FAR1-RELATED SEQUENCE 10
产物	putative protein FAR1-RELATED SEQUENCE 10
Arabidopsis	`AT5G18960` (FRS12) FAR1-related sequence 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832014] identity=34.8; qcov=0.426; evalue=1.19e-13; confidence=low
Rice	`Os03g0581100` (OS-CAD) - identity=30; qcov=0.704; evalue=2.48e-19; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779720.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779720.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779720.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779720.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779720.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30557141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C13,C50
`Chr8:30557228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr8:30557300`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C82
`Chr8:30557300`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C82
`Chr8:30557420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr8:30557454`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B129
`Chr8:30557454`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B129
`Chr8:30557627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B140,C58,C74,C9
`Chr8:30557655`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B140,C58,C74,C9
`Chr8:30557655`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B140,C58,C74,C9
`Chr8:30557670`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B140,C58,C9
`Chr8:30557670`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B140,C58,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779720.1

270 aa

135

270

SWIM

PF04434 SWIM 87-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779720.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	87	111	1.3e-06	28.5	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923737.1
ATGGACACCCAACGACAAACTTACAAACAACTGTGTATGGTTGATCAGACAACGGCGCCGCAGCTGCAGACGGACATTCCATTGGAACAGCACGCTGCAATTATCTACACTAGGAAAAAATTTCTAGAAGTTCAGATTGAGATTGTGGAGGCTGTTAACCGTTGCTGCATAAAGACTATGGACATTGATGAAGAACAACATAGGTACGCTATAGATGATAGATCTAATGGTGTATTTAATGTTGTTCTTACTATATCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998307
ATGGACACCCAACGACAAACTTACAAACAACTGTGTATGGTTGATCAGACAACGGCGCCGCAGCTGCAGACGGACATTCCATTGGAACAGCACGCTGCAATTATCTACACTAGGAAAAAATTTCTAGAAGTTCAGATTGAGATTGTGGAGGCTGTTAACCGTTGCTGCATAAAGACTATGGACATTGATGAAGAACAACATAGGTACGCTATAGATGATAGATCTAATGGTGTATTTAATGTTGTTCTTACTATATCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779720.1
MDTQRQTYKQLCMVDQTTAPQLQTDIPLEQHAAIIYTRKKFLEVQIEIVEAVNRCCIKTMDIDEEQHRYAIDDRSNGVFNVVLTISEDTITCSCKHFVKSGLPCRHMFFVMRNIGLKEIPSKYIVHRWLKVASSTILSCFNTKSPHKSLMAEAFRCVGIAEGDEALTDSLLEHLRLWADTHSKDVPEPSSAAGKKKMFEMFYGSKPPSLVTIHPPDAVKTKGSGKRLKSRFEIETEKAKKPRRRCKKCGRLVRHDSRNCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器