当前解析结果
SmilChr08G003103| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003103 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003103 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 31249244 - 31251339 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998320 |
|---|---|
| GeneID | 130998320 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998320 |
| 原始查询 | LOC130998320 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=32.7; qcov=0.271; evalue=1.65e-20; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998320 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779731.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057779731.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057779731.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057779731.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779731.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:31249271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A16,B23,C64,C66,C83 |
Chr8:31249271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B23,C64,C66,C83 |
Chr8:31249324 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B100,B115,C22,C53,C81 |
Chr8:31249324 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B100,B115,C22,C53,C81 |
Chr8:31249332 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr8:31249361 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr8:31249377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B59,B77,C83 |
Chr8:31249377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,B77,C83 |
Chr8:31249391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,B77,C83 |
Chr8:31249435 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B129,B80,B98,C20,C50 |
Chr8:31249445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C20 |
Chr8:31249446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779731.1PF03732
PEG10_N-capsid 30-107 aa
PF19259
Ty3_capsid 33-203 aa
PF00098
zf-CCHC 281-296 aa
PF08284
RVP_2 342-470 aa
PF13650
Asp_protease_2 369-452 aa
PF13975
gag-asp_proteas 369-454 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 374-470 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779731.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 30 | 107 | 2e-10 | 41.5 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 33 | 203 | 3.1e-08 | 34.0 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 281 | 296 | 1.8e-05 | 25.3 | Zinc knuckle |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 342 | 470 | 3.1e-28 | 99.0 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 369 | 452 | 1.2e-09 | 39.4 | Aspartyl protease |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 369 | 454 | 9.1e-10 | 39.7 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057779731.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 374 | 470 | 2.3e-09 | 38.4 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。