同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003146

染色体: Chr08 坐标: 31866968-31867549 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003146
名称SmilChr08G003146
描述uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向31866968 - 31867549 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998327
GeneID130998327
locus_tag-
NCBI NameLOC130998327
原始查询LOC130998327

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
产物Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=30.11; qcov=0.907; evalue=1.47e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF24769 (At2g29880_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998327

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779738.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:31867007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B123,B137,B94
Chr8:31867014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B56,C54
Chr8:31867040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B125,C21,C36
Chr8:31867046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:31867054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr8:31867121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:31867172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:31867173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B54
Chr8:31867208 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A10,A24,A6,B113,B120,B123,B14,B16,B34,B56,B76,B96,C11,C25,C45,C55,C69,C75,C8,C85
Chr8:31867224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C8
Chr8:31867241 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A16,A9,B100,B101,B126,B23,B41,B51,B57,B60,B63,B8,B84,B91,B93,B94,B98,C1,C16,C24,C27,C49,C51,C57,C83,D1
Chr8:31867257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779738.1
193 aa
N
1
96
193
At2g29880_C
C
PF24769 At2g29880_C 145-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779738.1 Pfam PF24769 At2g29880_C Domain 145 190 2.4e-21 76.6 At2g29880 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923755.1
ATGAAAATTGTCCGGATTATGAAGACTTGGAAACGTGTGGCTGTAGGCAAAAACTCAATTGGATTGGGTAGTGCTGCTGATGCCAGGACATTAGGAGCTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAGGAGTTGAATTATGATGTTGAAAATGAGGCGTTTGTAGGACTGACTCAAGATGATCCGCCATCATCCGGTTCCAAATCACCTTTGGTATTTCCTGAAGTGTCTGTGGAGTCCACTCAGAGAAGAGCTCCCGCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057779738.1_44370
ATGAAAATTGTCCGGATTATGAAGACTTGGAAACGTGTGGCTGTAGGCAAAAACTCAATTGGATTGGGTAGTGCTGCTGATGCCAGGACATTAGGAGCTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAGGAGTTGAATTATGATGTTGAAAATGAGGCGTTTGTAGGACTGACTCAAGATGATCCGCCATCATCCGGTTCCAAATCACCTTTGGTATTTCCTGAAGTGTCTGTGGAGTCCACTCAGAGAAGAGCTCCCGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779738.1
MKIVRIMKTWKRVAVGKNSIGLGSAADARTLGADENRAPHIEELNYDVENEAFVGLTQDDPPSSGSKSPLVFPEVSVESTQRRAPAKRTRGQFEINSGHTENRSHQEFMAEVKKITTTMDGVQSLLVKRDTMLEKREREKTYTTWDAIKEIPDLTDDIRVKAFDLLDTKTKKDEFLKMTIAERARWIAFKIKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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