Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003217`

染色体: Chr08 坐标: 32980106-32981113 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003217`
名称	SmilChr08G003217
描述	uncharacterized SmilChr08G003217
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	32980106 - 32981113 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998347`
GeneID	`130998347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998347`
原始查询	`LOC130998347`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=29.1; qcov=0.543; evalue=2.41e-22; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779755.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057779755.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779755.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779755.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779755.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:32980144`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B115,B137,C43,C61
`Chr8:32980144`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B115,B137,C43,C61
`Chr8:32980153`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	89	A1,A14,A18,A21,A22,A9,B100,B101,B102,B104,B115,B127,B135,B137,B139,B14,B140,B19,B21,B23,B26,B27,B3,B31,B36,B41,B42,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B54,B55,B56,B57,B61,B67,B69,B72,B76,B80,B83,B85,B89,B91,B92,B94,B95,B98,C1,C11,C17,C19,C2,C27,C29,C3,C32,C33,C36,C39,C41,C43,C44,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C58,C60,C61,C65,C69,C7,C70,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D3
`Chr8:32980168`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	93	A1,A14,A18,A21,A22,A25,A9,B100,B101,B102,B104,B115,B127,B133,B135,B137,B139,B14,B140,B15,B21,B23,B26,B27,B3,B31,B36,B41,B42,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B54,B55,B56,B57,B61,B69,B70,B72,B76,B80,B83,B85,B88,B89,B91,B92,B94,B95,B98,C1,C11,C17,C19,C2,C23,C27,C29,C3,C32,C33,C36,C39,C41,C43,C44,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C58,C60,C61,C65,C69,C7,C70,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D3
`Chr8:32980185`	`AT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B19,B40,C82
`Chr8:32980187`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	86	A14,A18,A21,A22,A25,A9,B100,B101,B104,B115,B132,B133,B135,B139,B14,B140,B15,B21,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B42,B44,B46,B47,B48,B5,B54,B55,B56,B57,B61,B70,B72,B80,B82,B83,B85,B88,B89,B91,B95,B98,B99,C1,C11,C17,C2,C22,C23,C27,C29,C3,C32,C33,C35,C36,C41,C43,C44,C5,C52,C53,C55,C57,C58,C60,C62,C65,C69,C7,C70,C75,C80,C81,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D7
`Chr8:32980204`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	39	A18,A22,A25,A7,A9,B101,B115,B139,B140,B19,B20,B21,B27,B47,B5,B54,B57,B61,B70,B74,B80,B91,B95,C17,C2,C23,C32,C36,C41,C52,C55,C57,C65,C75,C84,C85,C9,D1,D7
`Chr8:32980208`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	49	A18,A21,A22,A25,A7,A9,B10,B101,B107,B115,B130,B140,B19,B20,B21,B23,B27,B47,B5,B54,B57,B61,B70,B74,B80,B9,B91,B95,C1,C13,C17,C2,C23,C32,C33,C36,C41,C50,C52,C55,C57,C65,C75,C81,C83,C84,C9,D1,D7
`Chr8:32980211`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B67,B84,C56
`Chr8:32980211`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B67,B84,C56
`Chr8:32980217`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B67,B84,C56
`Chr8:32980217`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B67,B84,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779755.1

335 aa

168

335

DUF4283

PF14111 DUF4283 105-186 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779755.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	105	186	4.7e-07	30.2	Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923772.1
ATGGGAGCCTCCTGTTCTGAGATATCATCTTTGCCTATCGTGGCGTCGAAGGTTTCGGTGAATTCGGAACTAACTTCCGGTGTTCCCACTGAGAACGTTGCTAACCAGGATCCCCGTATTCATGATGGGTCGACCATTAAGGGTCCGGAGATTACTACTTCTTATGCTGATATTACGATGAACCGTCAGCCTCGCAGGCCGGATGTGGCTGCCCATCGGTTCCATAGCTATCGTCCAACGAAAGAAGGAGAGCAGTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998347
ATGGGAGCCTCCTGTTCTGAGATATCATCTTTGCCTATCGTGGCGTCGAAGGTTTCGGTGAATTCGGAACTAACTTCCGGTGTTCCCACTGAGAACGTTGCTAACCAGGATCCCCGTATTCATGATGGGTCGACCATTAAGGGTCCGGAGATTACTACTTCTTATGCTGATATTACGATGAACCGTCAGCCTCGCAGGCCGGATGTGGCTGCCCATCGGTTCCATAGCTATCGTCCAACGAAAGAAGGAGAGCAGTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779755.1
MGASCSEISSLPIVASKVSVNSELTSGVPTENVANQDPRIHDGSTIKGPEITTSYADITMNRQPRRPDVAAHRFHSYRPTKEGEQFSFKVPQDLSEKEVATEFAHAVTGRILLKKGEKPKPAMLVKADLQKVWKIEKDWHIIPLGKGYYTMAFTSAEDKMKVKAKHVWELASGHIRLRDWAKNFDPFKEHSTLANVWVRIHYLPIEYWHAEILAGIGRYVGHLLKIDGASIRRDFGQYVRLLIELDMSKTLPNTLLIDSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器