Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001061`

染色体: Chr01 坐标: 21924748-21926213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001061`
名称	SmilChr01G001061
描述	uncharacterized SmilChr01G001061
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	21924748 - 21926213 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998359`
GeneID	`130998359`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998359`
原始查询	`LOC130998359`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=29.7; qcov=0.643; evalue=1.24e-21; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=23.9; qcov=1.17; evalue=2.76e-28; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779785.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057779785.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779785.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779785.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779785.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:21924783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:21924785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C18
`Chr1:21924786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B140,B7,C58,D4
`Chr1:21924828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B128
`Chr1:21924834`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C76
`Chr1:21924834`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C76
`Chr1:21924855`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A18,B128
`Chr1:21924855`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A18,B128
`Chr1:21924875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B128
`Chr1:21924913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A18,B128
`Chr1:21924913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B128
`Chr1:21924915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B6,C52,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779785.1

398 aa

199

398

RVT_1

PF00078 RVT_1 282-369 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779785.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	282	369	1.7e-09	38.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923802.1
ATGGTGAAGGAGTCGTGGTCGCTTTCGGTTGATGCCCGGTGTCCGATGCTTCGTGTTATGCTGAAACTTAAAAGGTTGAAGGGGGATATTAAAGTTTGGAACAAAGAGATTTTTGGGAACGTGGACACCTCCATCTCTCAACTCCAACGACAGCTCATGGACACTCAGAATCGGATCTCAGAGTCGGGCTATACGGACGCCTGGTTTGAAGAGGAGGTGAGCCTTCAAGCCAAGTTGAACGTTGCTCTCAATCGGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998359
ATGGTGAAGGAGTCGTGGTCGCTTTCGGTTGATGCCCGGTGTCCGATGCTTCGTGTTATGCTGAAACTTAAAAGGTTGAAGGGGGATATTAAAGTTTGGAACAAAGAGATTTTTGGGAACGTGGACACCTCCATCTCTCAACTCCAACGACAGCTCATGGACACTCAGAATCGGATCTCAGAGTCGGGCTATACGGACGCCTGGTTTGAAGAGGAGGTGAGCCTTCAAGCCAAGTTGAACGTTGCTCTCAATCGGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779785.1
MVKESWSLSVDARCPMLRVMLKLKRLKGDIKVWNKEIFGNVDTSISQLQRQLMDTQNRISESGYTDAWFEEEVSLQAKLNVALNRKNSLLQQKSRISWLKDGDRNTGFFHRMTKFKKKNAPISHLKIDGVDCYDPRVIEQHVVSLFAELFKDDGNSGVDHLEIDALIDAAVTERQNFELVRLPQECEIKATVFSMDANSAPGPDGFSGHFFHTCWDIIKDDIVGAVQAFSGILIFPLVVTLVRCVIAVTHVSSNQFGFIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器