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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003968

染色体: Chr01 坐标: 58132869-58134827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003968
名称SmilChr01G003968
描述ferruginol synthase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58132869 - 58134827 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998360
GeneID130998360
locus_tag-
NCBI NameLOC130998360
原始查询LOC130998360

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferruginol synthase-like
产物ferruginol synthase-like
ArabidopsisAT2G45570 (CYP76C2)
cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819165]
identity=47.6; qcov=0.943; evalue=8.02e-155; confidence=high
RiceOs03g0248200
-
identity=47.7; qcov=0.967; evalue=5.19e-151; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057779767.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057779767.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779767.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779767.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779767.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58133149 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A2,A5
Chr1:58133149 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 A2,A5
Chr1:58133291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:58133423 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 A8
Chr1:58133423 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 A8
Chr1:58133492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:58133495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:58133511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:58133535 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr1:58133535 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 D3
Chr1:58133862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B131,B24,C80
Chr1:58134013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B47,C17,C60,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779767.1
490 aa
N
1
245
490
p450
C
PF00067 p450 29-478 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779767.1 Pfam PF00067 p450 Domain 29 478 9.3e-103 345.2 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923784.1
TTCTGGCATTCTCGTATTTAATCAAGATTCCCGTCACAGCTGTCAGAAAGTAAGTTAAATATCATTATTGATTAAATTTTGATTCTAACCGATTCATATTATTATCAATTGCTATATCTATATGAAATGCATATTAGTGGGAAAGAGAGCATTGACTAAAAATGGATCCCATAATTGTACTCCTAATATCGATAATTGTTGTGATTTTCGCGTGGTTTTATGTCCGACGGCGGGGGCCGAAGCTCCCGCCAGGGCCGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998360
ATGGATCCCATAATTGTACTCCTAATATCGATAATTGTTGTGATTTTCGCGTGGTTTTATGTCCGACGGCGGGGGCCGAAGCTCCCGCCAGGGCCGTACCCATTTCCGATCATCGGAAACATTCTCCAACTGGGCCGGAACCCCCACCAATCACTGGCCGACCTCTCCAAAACTCACGGCCCTTTGATGTCTCTCAAGCTCGGTAGCATATACACAGTGGTCGTATCATCGCCAGAGTTGGCGAAACTGTTTCTACAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779767.1
MDPIIVLLISIIVVIFAWFYVRRRGPKLPPGPYPFPIIGNILQLGRNPHQSLADLSKTHGPLMSLKLGSIYTVVVSSPELAKLFLQEHDQVFSGRTISAAAEAHEHDKYSMALMPAGERWKKARRLCREHMFSARQLEAGAGLRREKLQKLLDYVRECSVNGRAVNLGEVAFVTSLNLLTVTLFSVDFTEFDSDATQQLKETIEGVTKVLGAPNVADFFPFLKRWDPQGIKRRSELHFGKLLAILRGIINERLESRSVQR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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