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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003367

染色体: Chr08 坐标: 35288216-35290779 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003367
名称SmilChr08G003367
描述uncharacterized SmilChr08G003367
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向35288216 - 35290779 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998389
GeneID130998389
locus_tag-
NCBI NameLOC130998389
原始查询LOC130998389

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998389

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779791.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057779791.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057779791.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057779791.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779791.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:35288257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C67
Chr8:35288291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:35288312 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 147 A10,A13,A14,A15,A2,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B10,B101,B102,B105,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B113,B115,B12,B120,B122,B123,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B134,B135,B136,B14,B17,B18,B19,B2,B23,B24,B26,B27,B31,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B56,B60,B61,B62,B64,B66,B69,B7,B70,B71,B76,B81,B83,B84,B87,B89,B91,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C25,C27,C30,C31,C32,C33,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C55,C56,C58,C61,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,D1,D3,D4,D5,D7
Chr8:35288321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B136,B22
Chr8:35288328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B56,B84,B96,C5
Chr8:35288335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B57,D4
Chr8:35288341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B49,C32,C68
Chr8:35288348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B118,B91,C53,C81
Chr8:35288363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B36,B57,B76,C10
Chr8:35288371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A18,B100,B72,C58
Chr8:35288374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C57
Chr8:35288392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B48,B73,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923808.1
ATGGCCACCGTGGGTGCCCGGCAGCAACAAATAAATGAGGCGGATGATATGACGTGCCAAGGTTGTCATTTTCCTCGTTCCACCATCTCCACCGCCCAAATGGCGGAAGTACGGGGGTTGTTACGCATTAAGCCGGATGATCGTGAACTGAAAATCCGGATGCAGCGGGAATCCGGCGATATGCCTGATGCGGACGGGCAATGGCGCCCGGACACCATCCCTATTTGGTATGCGCAGGTGAAGGCGGGTCTGCGCTTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998389
ATGGCCACCGTGGGTGCCCGGCAGCAACAAATAAATGAGGCGGATGATATGACGTGCCAAGGTTGTCATTTTCCTCGTTCCACCATCTCCACCGCCCAAATGGCGGAAGTACGGGGGTTGTTACGCATTAAGCCGGATGATCGTGAACTGAAAATCCGGATGCAGCGGGAATCCGGCGATATGCCTGATGCGGACGGGCAATGGCGCCCGGACACCATCCCTATTTGGTATGCGCAGGTGAAGGCGGGTCTGCGCTTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779791.1
MATVGARQQQINEADDMTCQGCHFPRSTISTAQMAEVRGLLRIKPDDRELKIRMQRESGDMPDADGQWRPDTIPIWYAQVKAGLRLPPSPFLVGICERFGIPFFQISPSSLRRAHILHILCAANNYPHSVELFHQTHILKKTDCHYNFTAKPKMNLTFLGNLHSMDKKFRDKYFFVQVRNGTWADCAGTDEVEWHRTKHSSPPNRKPLGDLEIAFIDLLGQAFAAKDFDVLKLVASPSVLAGAGLFSRYPPTSIGMWRSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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