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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003383

染色体: Chr08 坐标: 35580403-35584973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003383
名称SmilChr08G003383
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g12100, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向35580403 - 35584973 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998398
GeneID130998398
locus_tag-
NCBI NameLOC130998398
原始查询LOC130998398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g12100, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g12100%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G12100 (AT5G12100)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831083]
identity=48.3; qcov=0.887; evalue=2.8e-58; confidence=high
RiceOs08g0402600
-
identity=41.6; qcov=0.828; evalue=8.3e-46; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057779800.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057779800.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779800.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779800.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779800.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:35580418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7
Chr8:35580525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr8:35580534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D7
Chr8:35580535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:35580546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C8
Chr8:35580581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:35580594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B121,C26
Chr8:35580595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C63
Chr8:35580658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:35580667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:35580678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr8:35580698 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779800.1
238 aa
N
1
119
238
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 1-56 aa PF13041 PPR_2 9-57 aa PF01535 PPR 12-41 aa PF12854 PPR_1 39-71 aa PF13041 PPR_2 43-91 aa PF01535 PPR 46-76 aa PF13812 PPR_3 67-121 aa PF13041 PPR_2 78-125 aa PF01535 PPR 82-111 aa PF12854 PPR_1 132-163 aa PF13812 PPR_3 132-181 aa PF13041 PPR_2 134-181 aa PF01535 PPR 137-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779800.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 1 56 3.2e-32 111.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779800.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 9 57 1.9e-52 175.9 PPR repeat family
XP_057779800.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 12 41 6.3e-34 114.6 PPR repeat
XP_057779800.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 39 71 2.9e-40 136.4 PPR repeat
XP_057779800.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 43 91 1.9e-52 175.9 PPR repeat family
XP_057779800.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 46 76 6.3e-34 114.6 PPR repeat
XP_057779800.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 67 121 3.2e-32 111.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779800.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 78 125 1.9e-52 175.9 PPR repeat family
XP_057779800.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 82 111 6.3e-34 114.6 PPR repeat
XP_057779800.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 132 163 2.9e-40 136.4 PPR repeat
XP_057779800.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 132 181 3.2e-32 111.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779800.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 134 181 1.9e-52 175.9 PPR repeat family
XP_057779800.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 137 167 6.3e-34 114.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923817.1
ATGAAGGCTAAGGGTGTCTCCCCGGTTGTGCAGACGTTTAACATCTTGATAAATGGATATGGTCGTGTTTGCCAGTTTGAGAAGTGTTTGGAGATTCTTGATGAGATGGAAAGTAATGGATTGAAGCCTAACGTTGTCACCTACGGATCTCTGATCAATAGTTTCTGCAAAAAGGGGCGCCTTCTTAAAGCCGAAGTCATGCTCAAAGACATGCTTAACAGAGGGGTTCTGCCCAATGCGCAGATATACAATATGCTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998398
ATGAAGGCTAAGGGTGTCTCCCCGGTTGTGCAGACGTTTAACATCTTGATAAATGGATATGGTCGTGTTTGCCAGTTTGAGAAGTGTTTGGAGATTCTTGATGAGATGGAAAGTAATGGATTGAAGCCTAACGTTGTCACCTACGGATCTCTGATCAATAGTTTCTGCAAAAAGGGGCGCCTTCTTAAAGCCGAAGTCATGCTCAAAGACATGCTTAACAGAGGGGTTCTGCCCAATGCGCAGATATACAATATGCTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779800.1
MKAKGVSPVVQTFNILINGYGRVCQFEKCLEILDEMESNGLKPNVVTYGSLINSFCKKGRLLKAEVMLKDMLNRGVLPNAQIYNMLISGHCMGRNTENDFKVFHEMLRSGVSPTNVAYKSIGNALLECLLKLSPDVITFNSLISGFSNAGNADKCLELFEKMKALGLKPTFNTYHPLISMFNKDILDLVEKLVVEMSNIELSLHKEELMGLADDGLKIESWGVEKSKGRKSEICERRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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