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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003443

染色体: Chr08 坐标: 36808532-36809578 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003443
名称SmilChr08G003443
描述uncharacterized SmilChr08G003443
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向36808532 - 36809578 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998414
GeneID130998414
locus_tag-
NCBI NameLOC130998414
原始查询LOC130998414

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=39.3; qcov=0.31; evalue=1.36e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779813.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057779813.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779813.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779813.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779813.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:36808575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:36808609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B73
Chr8:36808681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr8:36808720 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 24 A14,A5,B102,B106,B107,B12,B138,B17,B27,B32,B4,B53,B57,B78,B97,B99,C13,C24,C36,C37,C42,C46,C64,C66
Chr8:36808721 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 36 A19,A2,A3,A8,B113,B117,B132,B133,B137,B2,B21,B26,B31,B36,B45,B47,B50,B55,B59,B60,B7,B70,B83,B84,B87,C17,C25,C33,C34,C56,C63,C67,C72,C74,C78,D3
Chr8:36808747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B73
Chr8:36808767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B51,C35
Chr8:36808771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B137,B87,C59
Chr8:36808885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:36809071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:36809100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:36809127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923830.1
ATGAATGATGCTTTTCCGATGCCGCCACCGACTCACAAACCGTCCTATGCAGTTGTGCTAGGCCCGCGGCCTGTTCACAAACAAGACATTCCGACACATAAATTCTTTGCGCTTAAGCCGAAAAAACACGACGATGAAGCTTCTTTAACTATTCTCTCCGCGCTGTACCAAAAGCAAGTTGAGGAGTATAAGTTTGCGCTGATAGGACGTCTTCTTCTTCGTAAGGGAGAGAAGCCTAAACCTAACTTGGAACTCAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998414
ATGAATGATGCTTTTCCGATGCCGCCACCGACTCACAAACCGTCCTATGCAGTTGTGCTAGGCCCGCGGCCTGTTCACAAACAAGACATTCCGACACATAAATTCTTTGCGCTTAAGCCGAAAAAACACGACGATGAAGCTTCTTTAACTATTCTCTCCGCGCTGTACCAAAAGCAAGTTGAGGAGTATAAGTTTGCGCTGATAGGACGTCTTCTTCTTCGTAAGGGAGAGAAGCCTAAACCTAACTTGGAACTCAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779813.1
MNDAFPMPPPTHKPSYAVVLGPRPVHKQDIPTHKFFALKPKKHDDEASLTILSALYQKQVEEYKFALIGRLLLRKGEKPKPNLELKMELQKLWNIQESWCLIAMGKVWVCIYNLPVECRHLEVIAGIGRHIGLPLKLDNASIQGEFGHFARILIEVDLALELPSSLLINCDEGSFYTEFSYERLPHYCTSLWRAKDNIVNPVAGNAQEKDVLQQTQPTIDVYGPDLLERCLVPVDFRKENDDVVETETQGSEGSDSESEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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