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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003627

染色体: Chr08 坐标: 39520083-39520529 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003627
名称SmilChr08G003627
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向39520083 - 39520529 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998463
GeneID130998463
locus_tag-
NCBI NameLOC130998463
原始查询LOC130998463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00810
-
identity=34.6; qcov=0.919; evalue=1.53e-22; confidence=low
RiceOs08g0125300
-
identity=38.9; qcov=0.885; evalue=1.81e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998463

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779866.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057779866.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779866.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779866.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779866.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:39520082 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B20
Chr8:39520140 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 69 A10,A19,A24,B1,B10,B103,B106,B110,B113,B117,B118,B119,B121,B124,B133,B135,B136,B21,B25,B27,B29,B30,B37,B38,B39,B40,B48,B59,B6,B60,B66,B69,B75,B77,B78,B82,B85,B90,B92,B94,B98,B99,C13,C15,C19,C27,C29,C30,C38,C4,C40,C42,C45,C48,C50,C52,C53,C55,C64,C65,C66,C7,C74,C76,C78,C83,C87,D1,D8
Chr8:39520157 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B107,B108,B33,B56,B96,C65,D4
Chr8:39520209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:39520217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B86,B97,D2
Chr8:39520231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B46
Chr8:39520234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B114,C15,C25
Chr8:39520240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr8:39520273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:39520342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:39520436 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 59 A13,A16,A21,A24,A3,B101,B102,B104,B106,B107,B11,B118,B123,B131,B134,B137,B14,B16,B18,B2,B20,B22,B30,B4,B54,B57,B6,B63,B64,B67,B71,B75,B8,B81,B83,B86,B89,B91,B97,C13,C18,C23,C28,C33,C38,C46,C49,C54,C57,C59,C6,C67,C69,C72,C79,C80,C85,D2,D9
Chr8:39520485 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 15 B106,B134,B22,B4,B54,B57,B67,B75,B83,C34,C49,C6,C72,C79,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923883.1
ATGACGAACAAATTCCAGATGTCGATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTTTGGGATTGCAAGTAAAGCAAACTGAAGATGGAATACTGATCAATCAGTTGAAGTACACTAAAGAGCTGATCAATAAGTTCGGAGTACAACACATGAAGACTGTGAAGATTTCCATGAACACCAACTGGAAGGTTGATCCAGGAATGGAAGGGAAATCAGTATCTTCTACAAAGTACAGAGAAATCATAGGATCTTTGCTATATCTTACAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998463
ATGACGAACAAATTCCAGATGTCGATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTTTGGGATTGCAAGTAAAGCAAACTGAAGATGGAATACTGATCAATCAGTTGAAGTACACTAAAGAGCTGATCAATAAGTTCGGAGTACAACACATGAAGACTGTGAAGATTTCCATGAACACCAACTGGAAGGTTGATCCAGGAATGGAAGGGAAATCAGTATCTTCTACAAAGTACAGAGAAATCATAGGATCTTTGCTATATCTTACAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779866.1
MTNKFQMSMMGEMNFFLGLQVKQTEDGILINQLKYTKELINKFGVQHMKTVKISMNTNWKVDPGMEGKSVSSTKYREIIGSLLYLTASRSDIAFAVRVCARYQSDPTEAHMDATKRILRYLKGTQNVGLWYPTDEIFKLLGVAARYSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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