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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003734

染色体: Chr08 坐标: 42202374-42205716 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003734
名称SmilChr08G003734
描述uncharacterized SmilChr08G003734
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向42202374 - 42205716 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998494
GeneID130998494
locus_tag-
NCBI NameLOC130998494
原始查询LOC130998494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=35.2; qcov=0.162; evalue=1.41e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779895.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057779895.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057779895.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057779895.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057779895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:42202388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr8:42202416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:42204614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C6
Chr8:42204616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B38,C6,D6
Chr8:42204649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B45,B81
Chr8:42204661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B81,C6
Chr8:42204690 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 67 A11,A16,A19,A2,A20,A22,A3,A9,B103,B104,B106,B11,B112,B113,B118,B12,B120,B122,B125,B136,B139,B14,B15,B21,B24,B31,B40,B54,B57,B60,B72,B74,B77,B79,B87,B90,B92,B96,C11,C12,C18,C2,C21,C26,C28,C34,C37,C39,C40,C46,C50,C51,C53,C61,C64,C66,C73,C75,C8,C84,C85,C9,D10,D2,D4,D7,D9
Chr8:42204694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C44
Chr8:42204701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,B58,C60,C72
Chr8:42204732 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A13,A15,A21,B105,B11,B123,B134,B20,B27,B30,B61,B67,B68,B73,C13,C14,C17,C20,C22,C30,C34,C45,C47,C65,C72,C8,C85
Chr8:42204789 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 84 A11,A2,A22,A3,A4,A5,A9,B10,B104,B107,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B118,B125,B130,B136,B137,B14,B140,B18,B21,B25,B26,B30,B31,B35,B37,B39,B54,B60,B66,B70,B72,B77,B78,B79,B82,B87,B90,B92,B99,C12,C16,C21,C26,C28,C3,C30,C31,C33,C35,C37,C39,C40,C41,C45,C48,C5,C50,C53,C56,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C73,C75,C8,C80,C82,C83,C84,C86,C9,D3,D4,D7,D9
Chr8:42204792 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923912.1
ATGCAACAGCAGTTGGCCTCGATCATGCGAGAAGTACAACAGCTGAAGATGGACAAGATGGAAAATTCAGCTCCGGTGCAGAATTTAGCTTTGCCGATGAAAACGCCGCCGATGCCAGCTCAGCTAAATCCAGTTCTACCGATGTCAGCCACGCCAAATCCAGCCCTGCAGTACGTTGAGCCTTGTGGTATTTGTGGAGATTTCAGCCATGGAGCCAATGAGTGTCATCGAATGAGAGAATTTACTCCGGAAGGACAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998494
ATGCAACAGCAGTTGGCCTCGATCATGCGAGAAGTACAACAGCTGAAGATGGACAAGATGGAAAATTCAGCTCCGGTGCAGAATTTAGCTTTGCCGATGAAAACGCCGCCGATGCCAGCTCAGCTAAATCCAGTTCTACCGATGTCAGCCACGCCAAATCCAGCCCTGCAGTACGTTGAGCCTTGTGGTATTTGTGGAGATTTCAGCCATGGAGCCAATGAGTGTCATCGAATGAGAGAATTTACTCCGGAAGGACAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779895.1
MQQQLASIMREVQQLKMDKMENSAPVQNLALPMKTPPMPAQLNPVLPMSATPNPALQYVEPCGICGDFSHGANECHRMREFTPEGQAEVYAAQGFQSYNQVHSRPYGQNMNQGPQNIVGGWRGAFSTIQTTIPTAAIHCATECAADSTTEIHARRNAASLYGDQQTKYGVPSFYNQKAGNNGWTTFRGKMVDNKVDVPAQTRAEQPSSAFTRAEQPSSTFTRAEQPSSALTSPTDGEKADQQKEGEKEKEVKLHKATTPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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