Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003762`

染色体: Chr08 坐标: 43028563-43029798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003762`
名称	SmilChr08G003762
描述	uncharacterized SmilChr08G003762
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	43028563 - 43029798 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998504`
GeneID	`130998504`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998504`
原始查询	`LOC130998504`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
产物	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=27.8; qcov=0.684; evalue=4.86e-23; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=24.8; qcov=0.774; evalue=4.24e-22; confidence=weak
GO	GO:0003824 (catalytic activity)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos); PF14529 (Exo_endo_phos_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998504

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779903.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779903.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779903.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779903.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779903.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:43028633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B45,C50
`Chr8:43028633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,C50
`Chr8:43028655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:43028656`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B45,C50
`Chr8:43028656`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B45,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779903.1

411 aa

206

411

Exo_endo_phos

Exo_endo_phos_2

PF03372 Exo_endo_phos 4-227 aa PF14529 Exo_endo_phos_2 105-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779903.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	4	227	7.5e-15	56.0	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
`XP_057779903.1`	Pfam	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	Domain	105	231	1.2e-09	38.8	Endonuclease-reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923920.1
ATGAATTTGTTATCTTATAACATTCGGGGCTTGGGGAGTGTTGCGAAGCAGAGAGATGTTACTGATTTGGTGAAAGGGCAGAAGATCGATTTTTGTTGCTTACAGGAGACAAAGATGGAGGTGTTTAAGGATTTGTTCTGTAAATCTTGGTGGGGGTCTAATTATACAGATATAGCGATTAGAAATTCGGAGGGAAGGGCTGGAGGAATTGTTTGCTTGTGGAATAGGGAGGTTTTCGAAGCCTCTAGTACGTGGGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998504
ATGAATTTGTTATCTTATAACATTCGGGGCTTGGGGAGTGTTGCGAAGCAGAGAGATGTTACTGATTTGGTGAAAGGGCAGAAGATCGATTTTTGTTGCTTACAGGAGACAAAGATGGAGGTGTTTAAGGATTTGTTCTGTAAATCTTGGTGGGGGTCTAATTATACAGATATAGCGATTAGAAATTCGGAGGGAAGGGCTGGAGGAATTGTTTGCTTGTGGAATAGGGAGGTTTTCGAAGCCTCTAGTACGTGGGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779903.1
MNLLSYNIRGLGSVAKQRDVTDLVKGQKIDFCCLQETKMEVFKDLFCKSWWGSNYTDIAIRNSEGRAGGIVCLWNREVFEASSTWDLPGAVVVNGRYKEGDILCCIINVYAPIGSGDKRILWDALSSIVEQNTDRSVCILGDFNSVRRRDERVGSGEAFGVVDARSFEEFIRENDLEEIKTQGRKFTWYKPNGKCKSKIDRFLVNENWLAAWEGTSARGLQRSISDHCPIILTTRSEDWGPIPFRFLNAWVNHSEFEEMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器