当前解析结果
SmilChr01G003991| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003991 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003991 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003991 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 58340851 - 58343435 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998512 |
|---|---|
| GeneID | 130998512 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998512 |
| 原始查询 | LOC130998512 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OJ1174_G05.24; symbol=OJ1174_G05.24; hit=Os07g0591100; species=rice; confidence=high |
| 产物 | OJ1174_G05.24; symbol=OJ1174_G05.24; hit=Os07g0591100; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G19540 (AT3G19540)glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase subunit A (DUF620) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821490] identity=67.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0591100 (OJ1174_G05.24)- identity=66.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04788 (DUF620) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998512 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057779914.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057779914.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057779914.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057779914.1 |
| 5 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057779914.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:58341288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr1:58341472 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr1:58341482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:58342344 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr1:58342434 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B75 |
Chr1:58342590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A3,B125,B15,C77,C79 |
Chr1:58342620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr1:58342623 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr1:58342641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,B136,D4 |
Chr1:58342680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr1:58342689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr1:58342836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779914.1PF04788
DUF620 171-412 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779914.1 |
Pfam | PF04788 |
DUF620 | Domain | 171 | 412 | 3e-120 | 400.8 | Protein of unknown function (DUF620) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。