当前解析结果
SmilChr08G003791| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003791 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003791 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003791 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 43752043 - 43754091 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998515 |
|---|---|
| GeneID | 130998515 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998515 |
| 原始查询 | LOC130998515 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0142900- identity=35.1; qcov=0.493; evalue=1.65e-47; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998515 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779913.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057779913.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057779913.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.40000 | XP_057779913.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779913.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:43752051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C19,C61 |
Chr8:43752066 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B4,D5 |
Chr8:43752085 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B32,C87 |
Chr8:43752098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B19,C35,C63,C69 |
Chr8:43752105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,B74 |
Chr8:43752109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C22,C28,C46,C64,C66 |
Chr8:43752116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr8:43752125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B79,B83,C32 |
Chr8:43752128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C28,C64,C66 |
Chr8:43752131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr8:43752145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr8:43752156 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B17,B85,C40,C64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779913.1PF03732
PEG10_N-capsid 71-151 aa
PF19259
Ty3_capsid 75-231 aa
PF08284
RVP_2 355-483 aa
PF13975
gag-asp_proteas 382-467 aa
PF13650
Asp_protease_2 384-464 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 386-483 aa
PF00078
RVT_1 615-682 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779913.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 71 | 151 | 2.9e-09 | 37.9 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 75 | 231 | 7.2e-08 | 32.8 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 355 | 483 | 8.1e-34 | 117.1 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 382 | 467 | 2e-08 | 35.4 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 384 | 464 | 7.3e-06 | 27.3 | Aspartyl protease |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 386 | 483 | 2.5e-12 | 47.9 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057779913.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 615 | 682 | 2.6e-10 | 41.2 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。