当前解析结果
SmilChr08G003796| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003796 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003796 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003796 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 43859848 - 43860507 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998516 |
|---|---|
| GeneID | 130998516 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998516 |
| 原始查询 | LOC130998516 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=35.6; qcov=0.886; evalue=5.08e-40; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998516 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779915.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057779915.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779915.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779915.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057779915.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:43859943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C34 |
Chr8:43859953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C34 |
Chr8:43859958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,C68 |
Chr8:43859959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr8:43859997 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B2 |
Chr8:43859997 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr8:43860044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B41 |
Chr8:43860315 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr8:43860357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B113,B45,C25,C34,C63,C67 |
Chr8:43860401 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr8:43860493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B24 |
Chr8:43860497 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A18,B113,B24,B45,C25,C34,C63,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779915.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779915.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 6.2e-08 | 32.9 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。