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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003796

染色体: Chr08 坐标: 43859848-43860507 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003796
名称SmilChr08G003796
描述uncharacterized SmilChr08G003796
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向43859848 - 43860507 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998516
GeneID130998516
locus_tag-
NCBI NameLOC130998516
原始查询LOC130998516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.6; qcov=0.886; evalue=5.08e-40; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779915.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057779915.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779915.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779915.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779915.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:43859943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C34
Chr8:43859953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C34
Chr8:43859958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C68
Chr8:43859959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:43859997 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B2
Chr8:43859997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:43860044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B41
Chr8:43860315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:43860357 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B113,B45,C25,C34,C63,C67
Chr8:43860401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr8:43860493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B24
Chr8:43860497 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 8 A18,B113,B24,B45,C25,C34,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779915.1
219 aa
N
1
110
219
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 6-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779915.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 6 60 6.2e-08 32.9 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923932.1
ATGGTCATCAAAGACCTCTCTACCAAAGATAGGAACAAAATAGTGCAGTTTCTTCTTGCAAATTTGAAGAATGGCAAACCTAGATATGGTGCCATGAAGGAGGCTGTAGCCCTCTTCAACTCCTCCCAACGCACCGTCACTCGACTTTGGGCGGCTGCCAAGAAACAAAAGGAAAAAGGTGATGAAATATTTTTAGCAAGCCACAAACCAGGTGCTGCAAGAAGGAAAAGTGTTAGCGTCGATATAGAGCTAATTCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998516
ATGGTCATCAAAGACCTCTCTACCAAAGATAGGAACAAAATAGTGCAGTTTCTTCTTGCAAATTTGAAGAATGGCAAACCTAGATATGGTGCCATGAAGGAGGCTGTAGCCCTCTTCAACTCCTCCCAACGCACCGTCACTCGACTTTGGGCGGCTGCCAAGAAACAAAAGGAAAAAGGTGATGAAATATTTTTAGCAAGCCACAAACCAGGTGCTGCAAGAAGGAAAAGTGTTAGCGTCGATATAGAGCTAATTCAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779915.1
MVIKDLSTKDRNKIVQFLLANLKNGKPRYGAMKEAVALFNSSQRTVTRLWAAAKKQKEKGDEIFLASHKPGAARRKSVSVDIELIQSLELHKRSTIRRLAVGINQSKSTVWRWVNKGLIRAHSNAIKPDLTAPNKLMRLRFSLEALEFDRIMLALKFKAMDNTIHIDEKWFYITNAAHRFYLTQAEGDPHRTCKSKTFIKKVMFVCSGGKPVSVFRLKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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