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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003835

染色体: Chr08 坐标: 44706192-44707100 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003835
名称SmilChr08G003835
描述uncharacterized SmilChr08G003835
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向44706192 - 44707100 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998529
GeneID130998529
locus_tag-
NCBI NameLOC130998529
原始查询LOC130998529

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998529

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779927.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779927.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779927.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779927.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779927.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:44706267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr8:44706275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B98
Chr8:44706303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,C25,C6,C79
Chr8:44706304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A20,B85,C17,D10
Chr8:44706323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:44706325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B54,C25,C6,C79
Chr8:44706329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B28,B88,C55
Chr8:44706335 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B122,C8
Chr8:44706335 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B122,C8
Chr8:44706336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B47,B69,C52,C59
Chr8:44706341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C8
Chr8:44706342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923944.1
ATGTTGGCAAAGGTCAACGTGAACTTGCCGTTGCTAGACGTGATCAGGAATGTCCCAGCTTACTTGAAGTTCTTTAAAGAGTTGGCCTCCAAGAAAAGGAGGTTCGAGGACAACGAGAAGATTTTGGTGTCCGAGGTTGCAAACTCCATAATGCAACAGCCCTTACCGACCAAGCAACGAGATCCAGCCGATAGGTCGGTGAGGTATCCTCATGGGGTAGTTGAGGATATCCTTGTTCGAGTGGGTGGGTTGATTGTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998529
ATGTTGGCAAAGGTCAACGTGAACTTGCCGTTGCTAGACGTGATCAGGAATGTCCCAGCTTACTTGAAGTTCTTTAAAGAGTTGGCCTCCAAGAAAAGGAGGTTCGAGGACAACGAGAAGATTTTGGTGTCCGAGGTTGCAAACTCCATAATGCAACAGCCCTTACCGACCAAGCAACGAGATCCAGCCGATAGGTCGGTGAGGTATCCTCATGGGGTAGTTGAGGATATCCTTGTTCGAGTGGGTGGGTTGATTGTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779927.1
MLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYLKFFKELASKKRRFEDNEKILVSEVANSIMQQPLPTKQRDPADRSVRYPHGVVEDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGKEHTLLLGRPFMATTNTLIDVKNGTIKMTVLGESVSFSVHHNRAMPSSSLTNECSYIDAIDGLAEMFFVQEQEVVEVFAGSADMEEFAREDEERERARRAKLPIDEAVVMDYATKMKSTLELKELPKNLKYVYLEGETENPHGGGSQGNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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